Σχεδόν αμέσως με την έναρξη της επανάστασης του 1821 στην Πελοπόννησο, επαναστάτησε και η Κρήτη, παρά τη μικρή πληθυσμιακή υπεροχή του Χριστιανικού στοιχείου στο νησί τότε. Πολλά έχουνε γραφτεί και ειπωθεί αναλυτικά, από τους ιστορικούς, για τον ξεσηκωμό των σκληρά καταπιεσμένων προγόνων μας, σε κάθε νομό της Κρήτης. Δεν θα τα επαναλάβω, αλλά θα περιοριστώ σε τοπικό επίπεδο, στην περιοχή της Αμπαδιάς και συγκεκριμένα στη μάχη που έγινε στον Άγιο Ιωάννη Αμαρίου.
Η Αμπαδιά καταλαμβάνει τη μισή περίπου έκταση, νότια της περιοχής του Αμαρίου, στα νοτιοδυτικά του Ψηλορείτη, του νομού Ρεθύμνης. Παλιότερα περιελάμβανε δώδεκα χωριά, άλλοι λένε δεκατρία και άλλοι τα ανεβάζουνε παραπάνω. Για τους Αμπαδιώτες εκφράζεται η άποψη, πως ήτανε απόγονοι των Σαρακηνών, άλλοι λένε πως ήτανε παλιότεροι απ’ αυτούς και άλλοι λένε πως ήτανε εξισλαμισμένοι κρητικοί Γενίτσαροι και μάλιστα αιμοβόροι και πολύ σκληροί πολεμιστές.
Οι Σφακιανοί και οι Ρεθεμνιώτες χριστιανοί επαναστάτες, προτού ξεσπάσει η επανάσταση, προσπαθήσανε να πάρουνε με το μέρος τους, τους εξισλαμισμένους Αμπαδιώτες. Αυτή η προσπάθεια των Χριστιανών απέτυχε, γιατί τελικά οι Αμπαδιώτες τους παίξανε παιχνίδι. Ζητήσανε από τους επαναστάτες όπλα για να πάνε μαζί τους και όταν τους δώσανε κάποια όπλα, οι Αμπαδιώτες δεν τηρήσανε την υπόσχεσή τους και ταχτήκανε με το μέρος των Τούρκων.
Η πρώτη μάχη του αγώνα στην Κρήτη δόθηκε στις 14 Ιουνίου του 1821 στο χωριό Λούλο Χανίων και η πρώτη μεγάλη μάχη στο Ρέθυμνο δόθηκε μετά από δυο μέρες, δηλαδή 16 Ιουνίου στο χωριό Ζουρίδι. Αμέσως μετά, αρχίσανε να γίνονται μεγάλες μάχες στο Ρέθυμνο και συγκεκριμένα στην περιοχή της Αμπαδιάς.
Πολλές είναι οι διηγήσεις των παλιότερων κατοίκων του χωριού, για διάφορα περιστατικά, οι οποίες έχουνε παραμείνει ζωντανές, που καταδεικνύουνε και τη δύναμη του Αγίου Ιωάννου και μεταφέρονται από γενιά σε γενιά. Σε ένα περιστατικό, που καταγράφεται και στις τοπικές ιστορίες, η παράδοση λέει ότι, επί Τουρκοκρατίας, λίγο πριν τη μάχη του Μοναστηρακίου, 500 Τούρκοι από το Βαθειακό, θελήσανε να περάσουνε από τον Άγιο Ιωάννη και στη συνέχεια τη γέφυρα του Πλατύ ποταμού, για να πάνε στο Μοναστηράκι, όπου επρόκειτο να δοθεί μάχη. Οι Αϊγιαννιώτες στείλανε τα γυναικόπαιδα σε μια σπηλιά κοντά στο Λυγιώτη ποταμό και οι άνδρες μαζί με άλλους Κρήτες οπλισμένοι, πήρανε θέσεις μάχης και περιμένανε του Τούρκους. Οι Τούρκοι, μόλις φτάσανε στην είσοδο του χωριού και είδανε τους χιλιάδες οπλισμένους, τρομοκρατηθήκανε και γυρίσανε πίσω. Έτσι, οι Αϊγιαννιώτες συμβάλανε θετικά στη μάχη που επρόκειτο να γίνει στο Μοναστηράκι, μα οπωσδήποτε με τη χάρη και τη βοήθεια του προστάτη Αγίου Ιωάννη. Τελικά βέβαια η μάχη στο Μοναστηράκι έγινε στις 9 και 10 Φεβρουαρίου του 1822 με 4.000 Τούρκους υπό τον Τσιλιβοτάμπαση. Περίπου 2.000 Κρητικοί με επικεφαλείς τους: Βουρδουμπά, Μελιδόνη, Πολογιώργη, Κουρμούλη, Δεληγιαννάκη, δώσανε σκληρή μάχη και διώξανε μακριά τους Τούρκους. Νέα μάχη έγινε και το 1823 στο Μοναστηράκι, όταν έφτασε μεγάλος τούρκικος στρατός, για να εκδικηθεί το θάνατο του Γεντίμ-Αλή, δέχτηκε όμως την επίθεση από τους Αμαριώτες και τράπηκε σε φυγή, με σημαντικές απώλειες.
Ο επαναστατικός χαρακτήρας και ο πόθος των Αμαριωτών για λευτεριά, καταγράφεται στο παρακάτω αλληγορικό επαναστατικό ριζίτικο τραγούδι, που μου αφηγήθηκε το έτος 1984, ο αείμνηστος λυράρης Γιώργης Μουζουράκης, που γεννήθηκε το έτος 1896 στην Παντάνασσα Αμαρίου:
Αητός του Κέντρου(ς) σε μια σπηλιά κάθεται κι ανημένει,
πότε θ’ ανθίσουν τα κλαδιά να λιώσουνε τα χιόνια.
Να κατεβεί στο Ρέθεμνος, στης Αμπαδιάς στα μέρη,
να σκίσει με τα νύχια του εσπέχηδες κι αγάδες,
που τυραννούνε τσι Ρωμιούς.