Μετά την παράδοση του Σουλίου στον Αλή Πασά τον Δεκέμβριο του 1803, οι Σουλιώτες άρχισαν να εγκαταλείπουν το Σούλι κατά ομάδες.
Η πιο τυχερη ομάδα, του Φώτη Τζαβέλα, θα καταφέρει με αρκετές δυσκολίες να φτάσει σώα και αβλαβής στην Πάργα, και από κει στα Ιόνια νησιά.
Η δεύτερη ομάδα όμως, που κατευθύνθηκε στο Ζάλογγο, θα χτυπηθεί από τα στρατεύματα του Αλή Πασά (που παραβίασε τους όρους της συνθήκης και άρχισε να κυνηγάει τους Σουλιώτες με σκοπό να τους σκοτώσει). Η τρίτη από τις ομάδες που δημιουργήθηκαν, με αρχηγό τον Νότη Μπότσαρη, αν και κατάφερε να φτάσει με ασφάλεια στο χωριό Βουργαρέλι, —χωριό στο οποίο είχαν αποφασίσει να κατοικήσουν μόνιμα— μόλις έμαθαν την παραβίαση των όρων της συνθήκης από τον Αλή Πασά και τις επιθέσεις των στρατιωτών του στους Σουλιώτες, αποφάσισε να φύγει από το χωριό.
Έτσι, γύρω στα τέλη Δεκεμβρίου του 1803, 1140 άνθρωποι περίπου ξεκίνησαν, για να πάνε στο χωριό Βρεστενίτσα (σημ. Πηγές Άρτας), με σκοπό να περάσουν στο αρματολίκι των Αγράφων. Οι αρματωλοί των Αγράφων όμως δεν τους άφησαν να περάσουν, φοβούμενοι την οργή του Αλή Πασά, και έτσι η ομάδα γύρισε και πάλι πίσω στη Βρεστενίτσα. Όταν έμαθαν ότι καταφτάνουν οι στρατιώτες του πασά των Ιωαννίνων, αποφάσισαν να πολεμήσουν, αμυνόμενοι στο μοναστήρι του Σέλτσου, το οποίο απέχει 5 χλμ. από το χωριό Βρεστενίτσα. Η τοποθεσία αυτή αποτελεί ιδανικό σημείο άμυνας, καθώς είναι σχεδόν απροσπέλαστη· ωστόσο δεν έχει καμία έξοδο διαφυγής. Οι Σουλιώτες αποφάσισαν ή να νικήσουν τους στρατιώτες και να φύγουν από εκεί ή να πεθάνουν.
Στις 12 Ιανουαρίου του 1804, 5000 Τουρκαλβανοί στρατιώτες και αρκετοί από τους υπηρετούντες τον Αλή Πασά Έλληνες αρματολούς της περιοχής περικύκλωσαν την ευρύτερη περιοχή και στις 15 Ιανουαρίου επιχείρησαν την πρώτη επίθεσή τους. Ωστόσο, δεν κατάφεραν να εκπορθήσουν τις οχυρωματικές κατασκευές που είχαν εν τω μεταξύ φτιάξει οι Σουλιώτες, και έτσι αποφάσισαν να προχωρήσουν σε αποκλεισμό, με σκοπό να αναγκάσουν τους Σουλιώτες να παραδοθούν, για να μην πεθάνουν από την πείνα.
Οι Σουλιώτες, με την βοήθεια των γειτονικών χωριών —που κατάφερναν να τους προσφέρουν τα στοιχειώδη για την επιβίωσή τους— άντεξαν πολιορκία 3 μηνών. Στις 21 Απριλίου του 1804 ωστόσο, μετά από προδοσία του Γιώργου Κύργιου -του είχε υποσχεθεί ο Αλή Πασάς το αρματολίκι της Λάκκας εάν τους βοηθούσε να πάρουν το μοναστήρι-, μία ομάδα από 3.000 Τουρκοαλβανούς και άλλους 1.200 εφεδρικούς Αλβανούς εξουδετέρωσε την αντίσταση του Φυλακίου «Προφήτης Ηλίας» που βρισκόταν πάνω από τη Μονή Σέλτσου και εισέβαλε στο χώρο του μοναστηριού. Στη φονική και άνιση μάχη που επακολούθησε και γενικεύτηκε με την προσθήκη και άλλων Τουρκαλβανών, οι περισσότεροι Σουλιώτες σκοτώθηκαν, άλλοι αιχμαλωτίσθηκαν -όπως ο Νότης Μπότσαρης, η γυναίκα του Χριστίνα και τα παιδιά του Κίτσου Μπότσαρη, Κώστας, Δέσποινα και Αγγελική- και άλλοι, κυρίως γυναικόπαιδα, για να μην πέσουν στα χέρια των εχθρών, γκρεμίστηκαν σε βάραθρο 300 μέτρων, αφήνοντας τα κορμιά τους στον Ασπροπόταμο, αναδεικνύοντας έτσι το μοναστήρι του Σέλτσου σε νέο Ζάλογγο.
Σ’ αυτούς που προτίμησαν να πέσουν στο γκρεμό και να πνιγούν παρά να αιχμαλωτιστούν από τους Τούρκους αναφέρεται και η όμορφη 19χρονη Λένω Μπότσαρη, κόρη του Κίτσου (μερικοί υποστηρίζουν πως πρόκειται για την 21χρονη Ελένη Μπότσαρη, κόρη του Νότη και ανιψιά του Κίτσου Μπότσαρη), για τον ηρωισμό και την αυτοθυσία της οποίας γράφτηκαν πολλά δημοτικά τραγούδια. Το σημείο στο οποίο πήδησε η Λένω Μπότσαρη στον Αχελώο, έμεινε στην ιστορία ως «το πήδημα της καπετάνισσας». Ο Κίτσος Μπότσαρης με τον 13χρονο τότε γιο του Μάρκο πολέμησαν τον εχθρό, κατάφεραν να επιζήσουν κρυμμένοι σε μια σπηλιά -γνωστή στην περιοχή ως «η Σπηλιά του Κίτσου Μπότσαρη»- και μετά από πολλές περιπέτειες έφθασαν στην Πάργα, όπου βρίσκονταν και οι άλλοι Σουλιώτες με τον Φώτη Τζαβέλλα.
ΟτελικόςαπολογισμόςαπότημάχητουΣέλτσουκαιτοχαλασμότωνΜποτσαραίωνήτανηδιάσωσημόνον 80 Σουλιωτώναπότουςοποίουςοι 65 (κατ’άλλους 54) πέρασαντονΑχελώοσεδιάφορασημείακαικατέφυγανπροςταΆγραφα.
Το Σέλτσο κλείνει την τριλογία των θυσιών των Σουλιωτών (Ζάλογγο – Ρηνιάσσα – Σέλτσο), που ακολούθησε μετά την συνθηκολόγηση του 1803 με τον Αλή πασά. Σαν ένα άλλο Ζάλογγο, πιο οδυνηρό όμως από χαμένες ανθρώπινες ψυχές, μαρτυρεί ότι ο τόπος ούτε δίνει ούτε αφαιρεί την ανδρεία.
Ο Γάλλος ιστορικός Πουκεβίλ αναφέρει σχετικά: «Η φάλαγξ [1148] των αρχηγών Κίτσου και Νότη Μπότσαρη -που γνωρίζω- βαδίζει προς Σέλτσο. Απιστίαν Αλή τρίμηνον, άνισον αγώνα και προδοσίαν ακολουθεί η θυσία. Οι σουλιώται χωρίς εφόδια, άσιτοι, κυκλωμένοι, θέλουν έξοδον ή θάνατον ήρωος. Ξιφήρεις 300 ακάλυπτοι σαρώνουν το παν πλην γέφυρας Κοράκου. Ο Νότης πίπτει με 5 πληγάς. Σχεδόν όλοι οι άνδρες φονεύονται. Αι γυναίκες μαχόμεναι φωνάζουν θάνατος. Υπερδιακόσιοι και παιδιά πηδούν και πνίγονται στον Αχελώο. Χαλασμός. Μόνο 10 και ο Κίτσος σώζονται». [Πουκεβίλ 1824 Τ.Ι. σελ. 207-212]
Ο δε Κλοντ Σαρλ Φοριέλ (Claude Charles Fauriel), Γάλλος ακαδημαϊκός, φιλόλογος και ιστορικός γράφει: «΄Επιπτον κατά δεκάδες υπό τα βλέμματα και τας κραυγάς των γυναικών αι οποίαι προ του φρικώδους θεάματος το οποίον παρακολούθουν από του ύψους του γειτονικού μοναστηρίου, αντελήφθησαν ότι έπρεπε μόναι των να φροντίσουν δια τους εαυτούς των. ΄Ολαι σπεύδουν ταχύτατα εις το χείλος κλιτύος αποτόμων καθέτων βράχων, κάτωθεν των οποίων ρέει ο Ασπροπόταμος (Αχελώος) αποφασισμέναι να κατακρημισθούν με τα παιδιά των. Από τους χίλιους Σουλιώτες μια μόνο γυναίκα και πενήντα πέντε άνδρες κατόρθωσαν να σωθούν».