Στις αρχές Απριλίου του 1822 ισχυρός τουρκικός στόλος αποτελούμενος από 34 πλοία διενήργησε απόβαση στη Χίο με σκοπό να καταπνίξει την επανάσταση των Ελλήνων κατοίκων της. Η επιχείρηση των Τούρκων κατέληξε στη Σφαγή της Χίου. Στη συνέχεια ο τουρκικός στόλος παρέμεινε αγκυροβολημένος στη Χίο και το στενό του Τσεσμέ.
Η ελληνική επαναστατική κυβέρνηση, μετά από μερικές ημέρες αδράνειας, και ενώ οι Ψαριανοί αντιμετώπιζαν μεγάλο πρόβλημα επισιτισμού των χιλιάδων Χίων και Μικρασιατών προσφύγων που είχαν καταφύγει στο νησί τους, κατάφερε να συγκεντρώσει 342.000 γρόσια για τον εξοπλισμό στόλου. Ο στόλος αυτός αποτελούνταν από 29 υδραίικα, 19 σπετσιώτικα και 16 ψαριανά καράβια και οι επιχειρήσεις του θα είχαν σκοπό την εκδίωξη των Τούρκων από τη Χίο και την εξουδετέρωση της τουρκικής αρμάδας. Ο δεύτερος αυτός στόχος είχε επείγουσα σημασία, καθώς είχε ήδη καταφθάσει στις ελληνικές θάλασσες ο αιγυπτιακός στόλος.
Επί σαράντα ημέρες οι Έλληνες περίμεναν την κατάλληλη ευκαιρία για να χτυπήσουν τον τουρκικό στόλο. Τελικά στις 10 Μαΐου και λίγο αργότερα έγιναν δύο επιθέσεις στο στενό του Τσεσμέ, χωρίς επιτυχία. Στις 18 Μαΐου νυκτερινή επιχείρηση των Ελλήνων προκάλεσε σύγχυση στο τουρκικό στόλο και σοβαρές ζημιές των τουρκικών πλοίων χωρίς όμως να πετύχει η προσπάθεια πυρπόλησης της τουρκικής ναυαρχίδας.
Στη συνέχεια υπήρξε διαμάχη μεταξύ των Ελλήνων, με αφορμή κρούσματα απειθαρχίας των πληρωμάτων του στόλου, λόγω καθυστέρησης των μισθών τους, αλλά και λόγω ανεξακρίβωτης διαφωνίας μεταξύ των Υδραίων και των Σπετσιωτών ναυάρχων. Η σύρραξη πήρε γενικευμένο χαρακτήρα και οι Σπετσιώτες αποφάσισαν, παρά τις παρακλήσεις των Ψαριανών, να αποχωρήσουν προς την Κρήτη, την 31η Μαΐου, για να αποφευχθούν τα χειρότερα. Ταυτόχρονα οι Ψαριανοί αποφάσισαν να χρησιμοποιήσουν πυρπολικά, με τη σύμφωνη γνώμη του Μιαούλη, ο οποίος ανησυχούσε με την απραξία του ελληνικού στόλου, καθώς μάλιστα τα πλοία που παρακολουθούσαν το νότιο Αιγαίο έδιναν ανησυχητικές πληροφορίες για τις κινήσεις των Αιγυπτίων.
Την επιχείρηση πυρπόλησης ανέλαβαν να εκτελέσουν οι Κωνσταντίνος Κανάρης και Ανδρέας Πιπίνος. Ο Κανάρης ανέλαβε να κάψει τη ναυαρχίδα του Καρά Αλή, ενώ ο Πιπίνος το δίκροτο του Μπεκήρ μπέη που χρησίμευε ως αντιναυαρχίδα. Τα δύο πυρπολικά (μπουρλότα) θα συνοδεύονταν από τέσσερα πλοία (2 Ψαριανά και 2 Υδραίικα), τα οποία είχαν αποστολή τη διάσωση των πυρπολητών μετά την πυρπόληση.
Ο στολίσκος των πυρπολητών ξεκίνησε από τα Ψαρά, την 1η Ιουνίου, με κατεύθυνση το στενό της Χίου, όπου ήταν αγκυροβολημένος ο στόχος του. Την νύχτα της 6ης προς 7η Ιουνίου έχοντας ούριο άνεμο πλησίασαν τον τουρκικό στόλο. Στο εγχείρημα βοήθησαν δύο παράγοντες: αφενός ότι η νύχτα ήταν πολύ σκοτεινή, καθώς δεν είχε φεγγάρι, και αφετέρου ότι στο κατάφωτο κατάστρωμα της ναυαρχίδας οι Τούρκοι, κάπου δυό χιλιάδες, γιόρταζαν το Μπαϊράμι κι έτσι τα μέτρα φρούρησης ήταν ελλιπή.
Ο Πιπίνος πλησίασε την αντιναυαρχίδα και πυροδότησε το πυρπολικό χωρίς το πλήρωμά του να έχει στερεώσει καλά το μπουρλότο, ενώ το πλήρωμα του τουρκικού πλοίου αντιλήφθηκε τον κίνδυνο και απομάκρυνε το πυρπολικό. Το μπουρλότο του Κανάρη, όμως, του οποίου ο πηδαλιούχος, Ιωάννης Θεοφιλόπουλος, εκτέλεσε άριστους ελιγμούς, κόλλησε γερά στη ναυαρχίδα, στην πλευρά που φυσούσε ο άνεμος. Σε λίγα λεπτά η φωτιά μεταδόθηκε σε όλο το πλοίο με αποτέλεσμα να αρχίσουν να εκπυρσοκροτούν τα 84 κανόνια του με καταστροφικά αποτελέσματα και ελάχιστους διασωθέντες από το πλήρωμα των 2.000 ανδρών. Ο Καρά Αλή, στην προσπάθειά του να ξεφύγει, πληγώθηκε θανάσιμα από φλεγόμενο κατάρτι, ενώ ο Κανάρης και οι σύντροφοί κατάφεραν να επιβιβαστούν στα πλοία που τους περίμεναν και να διαφύγουν. Στα Ψαρά, τους περίμεναν στην παραλία ο λαός και ο κλήρος και τους συνόδευσαν στον ναό του Αγίου Νικολάου όπου τελέστηκε δοξολογία.
Το γεγονός προκάλεσε τους πανηγυρισμούς ολόκληρου του Ελληνισμού και, όπως γράφει ο Τούρκος ιστορικός, Τζεβντέτ πασάς, «άφησε κατάπληκτα τα πληρώματα ολόκληρου του τουρκικού στόλου». Σύμφωνα με τον Άγγλο ιστορικό Τόμας Γκόρντον, η πυρπόληση της ναυαρχίδας «ήταν ένα από τα πιο καταπληκτικά κατορθώματα που αναφέρει η ιστορία» και ο Κανάρης «ο πιο έξοχος εκπρόσωπος του ηρωϊσμού που η Ελλάδα όλων των εποχών μπορεί να υπερηφανεύεται».
Το τότε Βουλευτικό ενέκρινε πρόταση του ελληνικού Υπουργείου (Μινιστέριου) των Ναυτικών για επιβράβευση των πληρωμάτων των δύο πυρπολικών με κτήματα, διπλώματα και αργυρά παράσημα και υπερψήφισε άλλες, ακόμα μεγαλύτερες, υλικές και ηθικές αμοιβές. Όμως δεν υλοποιήθηκε καμία από αυτές τις αποφάσεις.
Σφαγές χριστιανών στα Μαστιχοχώρια της Χίου
Οι Τούρκοι, εξαγριωμένοι και τρομοκρατημένοι από το συμβάν, κατευθύνθηκαν προς τα Μαστιχοχώρια της Χίου, τα μόνα χωριά που γλίτωσαν από τις σφαγές του Απρίλη και στα οποία είχε χορηγηθεί αμνηστία από τον Σουλτάνο. Εκεί είχαν καταφύγει αρκετοί Έλληνες οι οποίοι σχεδόν όλοι σκοτώθηκαν, ενώ τα Μαστιχοχώρια καταστράφηκαν ολοκληρωτικά. Μετά την καταστροφή, από τους 117.000 Χριστιανούς που ήταν ο τότε πληθυσμός της Χίου, έμειναν περίπου 1800 -2000 άνθρωποι. 21.000 ήταν οι φυγάδες(κατέφυγαν στα Ψαρά, Τήνο, Σύρο, Άνδρο, Αγκώνα, Τεργέστη, Μασσαλία, Οδησσό, Μάλτα, Λονδίνο) και 52.000 οι αιχμάλωτοι. Υπολογίζουμε δηλαδή ότι σφαγιάσθηκαν περίπου 52.000 Χιώτες.
Στη συνέχεια ο τουρκικός στόλος αποχώρησε προς τη Μυτιλήνη, αργότερα στα Μοσχονήσια και στη συνέχεια στην Τένεδο.