Οκτώβριος 1824 -6 Φεβρουαρίου 1825
2ος εμφύλιος πόλεμος της Επανάστασης
Μια από τις πιο μαύρες σελίδες στην ιστορία της Ελλάδας είναι αυτή του Εμφυλίου Πολέμου της περιόδου 1823 – 1825. Ο πόλεμος αυτός, με έντονες αντιπαραθέσεις και εκτεταμένες και συχνά αιματηρές συγκρούσεις, είχε βαρύτατο κόστος για τη χώρα και παραλίγο να πλήξει ανεπανόρθωτα την Ελληνική Επανάσταση που τότε βρισκόταν ακόμα σε εξέλιξη. Εκδηλώθηκε ως ανταγωνισμός ισχύος για την ηγεσία της επανάστασης, αλλά και του υπό διαμόρφωση νέου Ελληνικού κράτους.
Ο Εμφύλιος χωρίζεται σε δύο φάσεις: η Α’ φάση (Φθινόπωρο 1823 – Ιούλιος 1824) χαρακτηρίστηκε από έντονες πολιτικές διαμάχες μεταξύ Φιλικών και Κοτζαμπάσηδων /στρατιωτικών και πολιτικών (Α’ Εμφύλιος), ενώ η Β’ φάση (Ιούλιος 1824 – Ιανουάριος 1825) από εμφύλιες συρράξεις μεταξύ κυβερνητικών (Στερεοελλαδιτών και Νησιωτών), υποστηριζόμενων από την Αγγλία, και Πελοποννησίων οπλαρχηγών και πολιτικών από την άλλη (Β’ Εμφύλιος). Λάφυρο, η εξουσία και ο «λουφές», όπως έλεγε ο Φωτάκος.
Στη διάρκεια του δευτέρου εμφυλίου πολέμου, ο υπουργός Εξωτερικών Παπαφλέσσας εισβάλλει στην Αρκαδία για να πλήξει τους οπαδούς του Κολοκοτρώνη (22 Οκτωβρίου). Στις 12 Νοεμβρίου ο Πάνος, γιος του Κολοκοτρώνη, σκοτώνεται κατά τη διάρκεια συμπλοκής με τους οπαδούς του Κουντουριώτη έξω από την Τριπολιτσά. Οι Κυβερνητικοί καταλαμβάνουν την Τριπολιτσά (2 Δεκεμβρίου), ενώ ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης παραδίδεται τελικά στην κυβέρνηση (30 Δεκεμβρίου).
Στις 6 Φεβρουαρίου 1825, ύστερα από απερίγραπτες καταστροφές και λεηλασίες, οι κυβερνητικές δυνάμεις έχουν επικρατήσει πλήρως. Ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος εκλέγεται Γενικός Γραμματέας του Εκτελεστικού. Την ίδια μέρα ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, ο Κανέλλος και ο Νικόλαος Δεληγιάννης, ο Παναγιώτης και ο Ιωάννης Νοταράς, ο Θεόδωρος Γρίβας και άλλοι αντικυβερνητικοί φυλακίζονται από τους Κυβερνητικούς στη μονή του Προφήτη Ηλία στην Ύδρα.
Έχοντας φυλακίσει όλους τους πολιτικούς αντιπάλους της η κυβέρνηση Κουντουριώτη ήταν ελεύθερη να προωθήσει τα συμφέροντά της καθώς και αυτά των Άγγλων, των οποίων ήταν όργανο. Όμως η κυβέρνηση αυτή δεν είχε την ικανότητα να σημειώσει επιτυχίες στο στρατιωτικό τομέα. Ενδεικτικά αναφέρουμε ότι δεν μπόρεσε να σώσει από την καταστροφή την Κάσο και τα Ψαρά, ούτε να εμποδίσει την απόβαση των αιγυπτιακών στρατευμάτων του Ιμπραήμ στην Πελοπόννησο (Φεβρουάριος 1825) ούτε να σώσει το πολιορκημένο Μεσολόγγι (Απρίλιος 1826).
Έτσι, μπροστά στον κίνδυνο της ολοκληρωτικής καταστροφής αναγκάστηκε να αποφυλακίσει τον Θ. Κολοκοτρώνη το Μάιο του 1825 για να πάρει εκείνος την ομάδα στις πλάτες του και να νικήσει τα τουρκοαιγυπτιακά στρατεύματα.