Το Νεόκαστρο είχε παραμείνει στην κατοχή των Ελλήνων από τις αρχές της Επανάστασης, τον Απρίλιο του 1821. Οι Τούρκοι επανειλημμένα, αλλά και μάταια, προσπάθησαν να το πορθήσουν. Όταν το 1825 ο Ιμπραήμ ήρθε στην Πελοπόννησο, διάλεξε το λιμάνι της Πύλου ως ορμητήριο και επιδόθηκε στην κυρίευση των φρουρίων Πύλου και Νεοκάστρου και της νήσου Σφακτηρίας. Οι Έλληνες αμύνονταν με απόγνωση και υπεράσπιζαν τα τρία αυτά σπουδαία σημεία της άμυνας. Ο εχθρός όμως ήταν ανώτερος και υπεράριθμος.
Τον Απρίλιο του 1825 η Ελληνική κυβέρνηση τοποθέτησε στο Νεόκαστρο 1500 περίπου πολεμιστές με αρχηγούς τον Γιατράκο, Γεώργιο Μαυρομιχάλη, Σταύρο Σαχίνη, Μακρυγιάννη και Δημήτριο Σαχτούρη, ο οποίος ανέλαβε φρούραρχος. Το πυροβολικό του φρουρίου περιελάμβανε 50 περίπου πυροβόλα παλιά και μπήκε υπό την αρχηγία του Εμμανουήλ Καλλέργη. Εκτός από αυτούς ήταν και ένα σώμα Κεφαλλονιτών υπό τις διαταγές του Σπύρου Πανά. Η σφοδρή επίθεση του Ιμπραήμ απέτυχε και επειδή δεν μπόρεσε να πάρει το κάστρο, πρότεινε στους Έλληνες πολιορκημένους να παραδοθούν. Αυτοί αρνήθηκαν ασυζητητί. Ο Ιμπραήμ έστησε τακτική πολιορκία. Ύψωσε τηλεβολοστάσια πυροβόλων και βομβοβόλων, τους έκοψε το νερό, και μετά από σφοδρότατο κανονιοβολισμό κατόρθωσε να ανοίξει ρήγμα στο τοίχος. Αμέσως επιχείρησε αποφασιστική έφοδο με τακτικά συντάγματα Αιγυπτίων και άτακτα επίλεκτων Αλβανών. Οι πολιορκούμενοι αντεπιτέθηκαν ηρωικά, απέκρουσαν την έφοδο, έφραξαν τα ρήγματα και έκαναν μεγάλη φθορά στον εχθρό. Μετά την αποτυχία αυτή ο Ιμπραήμ σταμάτησε τις επιθέσεις και στράφηκε στην Σφακτηρία, την οποία κατέκτησε. Μετά την πτώση της Σφακτηρίας οι πολιορκημένοι του Νεόκαστρου βρέθηκαν σε δύσκολη θέση, αφού είχαν πλέον αποκλεισθεί από ξηρά και θάλασσα. Αναγκάστηκαν να παραδοθούν. Οι συνθήκες της παράδοσης υπογράφτηκαν στις 6 Μαΐου στην σκηνή του Ιμπραήμ. Εκτός από τους αρχηγούς και τους καπεταναίους που κράτησαν τα όπλα τους, όλοι οι άλλοι αφοπλίστηκαν και μεταφέρθηκαν με ουδέτερα σκάφη στην Καλαμάτα. Ο Ιμπραήμ κράτησε για ομήρους τον Μαυρομιχάλη και τον Γιατράκο, για να τους ανταλλάξει με δύο πασάδες που είχαν αιχμαλωτίσει οι Έλληνες.
Στην πολιορκία του Νεοκάστρου οι Έλληνες έδειξαν μεγάλο ηρωισμό και αντοχή, αφού ο αιγυπτιακός στρατός, αν και ισχυρότερος, δεν μπόρεσε να εισβάλει στο φρούριο. Η πολεμική τακτική του Ιμπραήμ όμως αποδείχτηκε ανώτερη, αφού με την κατάληψη της Σφακτηρίας κατόρθωσε να στενέψει την πολιορκία και να αναγκάσει τους Έλληνες να παραδοθούν. Η πτώση του Νεοκάστρου ήταν άλλη μια σημαντική νίκη των Αιγυπτίων και σοβαρή ήττα των Ελλήνων. Το σημαντικό φρούριο του Νεοκάστρου, που από την αρχή του αγώνα ήταν στα χέρια των Ελλήνων, πέρασε στα χέρια του εχθρού και έμεινε εκεί μέχρι το 1828, οπότε και παραδόθηκε στην φάλαγγα του Γαλλικού στρατού υπό του Μαιζών κατά την Εκστρατεία του Μωριά, όταν ο γαλλικός στρατός απελευθέρωσε την Πελοπόννησο.