Συμφωνία του πρώτου Εμφυλίου Πολέμου
Μετά από διαβήματα, ένοπλες συγκρούσεις και διαπραγματεύσεις των δύο κυβερνήσεων και των υποστηριχτών τους, επιτεύχθηκε συμφωνία στις 22 Μαΐου 1824. Ο Κολοκοτρώνης που μέχρι τότε κρατούσε το φρούριο του Ναυπλίου δέχθηκε να το παραδώσει. Έθεσε όμως όρο να το παραδώσει στους Ζαίμη και Λόντο, δηλαδή σε Πελοποννήσιους και όχι στην κυβέρνηση, την οποία δεν αναγνώριζε ως νόμιμη. Συμφωνήθηκε λοιπόν να δοθεί στον Πάνο Κολοκοτρώνη το μηδαμινό ποσό των 25.000 γροσίων για να εξοφλήσει τα χρέη για τις δαπάνες για την συντήρηση της φρουράς του. Υποχρεώνονταν οι Κολοκοτρώνης, Νικηταράς και Πλαπούτας να διαλύσουν τα στρατιωτικά τους σώματα.
Μετά τη συμφωνία οι Ζαΐμης και Λόντος με το μεγαλύτερο μέρος των κυβερνητικών στρατευμάτων εγκατέλειψαν την Τριπολιτσά. Ακολούθησε εξαμελής επιτροπή από προκρίτους της Καρύταινας, που θα πήγαινε στο Ναύπλιο να παραδώσει επιστολή του Κολοκοτρώνη στους γιους του με την διαταγή να παραδώσουν το Ναύπλιο. Την ίδια μέρα εγκατέλειψε και ο Κολοκοτρώνης τη Σιλήμνα και πήγε στην Καρύταινα. Ο Ζαΐμης και ο Λόντος δεν κράτησαν μυστική τη συμφωνία. Προφανώς ήθελαν να κοινολογηθεί για να εκθέσουν τον Κουντουριώτη και να τον αναγκάσουν να την δεχτεί ως τετελεσμένο γεγονός.
Το Εκτελεστικό φάνηκε δυσαρεστημένο από τη συμφωνία, γιατί ήθελε την ολοσχερή εκμηδένιση των αντικυβερνητικών. Ειδικά ο Κουντουριώτης φοβόταν μήπως κάποιος από τους δύο, ο Ζαΐμης ή ο Λόντος, απαιτήσει να διορισθεί φρούραρχος του Ναυπλίου, οπότε το Ναύπλιο θα παρέμενε ακόμη στον έλεγχο των Πελοποννησίων. Αποδοκίμασε την πρωτοβουλία τους, αλλά δέχθηκε τη συμφωνία, γιατί πρωταρχικά ενδιαφερόταν για τη κατάληψη του Ναυπλίου.
Η διαδικασία για την παράδοση του Ναυπλίου προχώρησε αργά. Στις 31 Μαΐου μπήκε στο Ναύπλιο μόνος του ο Λόντος, γιατί ο Ζαΐμης αρρώστησε. Συγκροτήθηκε επιτροπή για την παραλαβή του Ναυπλίου, Αναστάσιος Λόντος, Γεώργιος Καναβός, Γεώργιος Καλαφάτης, Ανδρέας Μιαούλης και Παναγιώτης Ρόδιος. Ο Πάνος Κολοκοτρώνης ήταν πρόθυμος να συμμορφωθεί στη συμφωνία που έκανε ο πατέρας του, αλλά δήλωσε ότι προτιμούσε να συνομιλεί μόνο με τους Ζαΐμη και Λόντο για τον τρόπο αποχώρησης του. Ακόμη ζήτησε να καταμετρηθούν όλα τα πολεμοφόδια που παρέδιδε για να μην κατηγορηθεί ως καταχραστής. Η κυβέρνηση για να εξοικονομήσει τα 25.000 γρόσια για τον Πάνο Κολοκοτρώνη προχώρησε στην δημοπράτηση του τελωνείου του Ναυπλίου. Τελικά το ποσό συγκεντρώθηκε από δωρεές.
Η αποχώρηση του Πάνου Κολοκοτρώνη έγινε στις 7 Ιουνίου χωρίς επεισόδια. Το γεγονός ότι στο Ναύπλιο παρέμειναν μερικές οικογένειες των στρατιωτών της παλαιάς φρουράς και μαζί τους η σύζυγος του Πάνου Κολοκοτρώνη και η μητέρα της, Μπουμπουλίνα, έγινε αφορμή να αρνηθεί ο Κουντουριώτης την αποβίβαση του στο Ναύπλιο. Ενώ το Βουλευτικό εγκαταστάθηκε στην πόλη την ίδια μέρα, το Εκτελεστικό παρέμεινε στο σκάφος «Κίμων».
Τελικά στις 12 Ιουνίου, μετά την αποχώρηση της Μπουμπουλίνας, η κυβέρνηση εγκαταστάθηκε στο Ναύπλιο. Διοικητής της φρουράς του Ναυπλίου διορίστηκε ο Χατζηχρήστος και φρούραρχος Παλαμηδίου ο Νάσος Φωτομαράς, τον οποίο η κυβέρνηση πέτυχε να αποσπάσει από τον Λόντο. Και αυτό αντίθετα με τη συμφωνία για τη παράδοση του Ναυπλίου, το οποίο ο Κολοκοτρώνης ήθελε να παραμείνει σε Πελοποννησίους. Ο διορισμός των ατόμων αυτών ήταν ένδειξη του αντιπελοποννησιακού πνεύματος του Κουντουριώτη, που δεν έχανε την ευκαιρία να εκδηλώσει την αντίθεση τους προς τους Πελοποννήσιους. Στους Ζαΐμη και Λόντο, από τους σημαντικότερους πελοποννήσιους ηγέτες φέρθηκε περιφρονητικά. Αρνήθηκε να τους καταβάλει τα έξοδα της εκστρατείας, την οποία η κυβέρνηση του οργάνωσε και τελικά τους έδωσε εντολή να επιστρέψουν στις επαρχίες τους. Έτσι οι Πελοποννήσιοι ηγέτες εννοήσαν ότι έσφαλαν προσχωρώντας στη φατρία του Κουντουριώτη, τον οποίο βοήθησαν να εκμηδενίσει τον φυσικό τους σύμμαχο, τον Κολοκοτρώνη και να θέσει υπό τον έλεγχό του την Πελοπόννησο.
Αμέσως μετά την εγκατάσταση του Εκτελεστικού στο Ναύπλιο φάνηκε ο διχασμός των νικητών. Οι Πελοποννήσιοι γαιοκτήμονες και πολιτικοί άρχισαν τις βολιδοσκοπήσεις και τις μυστικές συνεννοήσεις, για την σύμπηξη νέων συμμαχιών, με σκοπό την ανατροπή της Κυβέρνησης. Η διάσπαση του κυβερνητικού στρατοπέδου συντελέστηκε αμέσως μετά την επικράτηση του. Τα πελοποννησιακά στοιχεία, πολιτικά και στρατιωτικά, προσήγγιζαν τη δημιουργία κοινού μετώπου εναντίον των νησιωτών και των Στερεοελλαδιτών.
Ο πρώτος εμφύλιος πόλεμος σφραγίστηκε με την αμνήστευση των ηττημένων. Η αιγυπτιακή απειλή ταρακούνησε την κυβέρνηση και προσπάθησε να καλλιεργήσει ενωτικό και ειρηνικό στα εσωτερικά ζητήματα κλίμα. Στις 2 Ιουλίου με διάταγμα του Εκτελεστικού χορηγήθηκε αμνηστία σε όλους τους πρώην αντιπάλους της κυβέρνησης. Απαγορευόταν όμως σε όσους είχαν καθαιρεθεί από το Εκτελεστικό ή το Βουλευτικό, ή συμμετείχαν στην κυβέρνηση της Τριπολιτσάς να διορισθούν σε δημόσιες θέσεις στην παρούσα και την επόμενη κυβερνητική περίοδο. Ο αποκλεισμός των αντικυβερνητικών από την πολιτική δράση τους δυσαρέστησε, γιατί δεν πίστευαν ότι οι ενέργειες τους ήταν αντεθνικές. Έτσι δημιουργούνταν οι προϋποθέσεις για τον δεύτερο εμφύλιο πόλεμο.