Η Φιλόμουσος Εταιρεία των Αθηνών, ιδρύθηκε στην Αθήνα το 1813, από τους τότε προκρίτους της πόλης: Ιωάννη Μαρμαροτούρη, Πέτρο Ρεβελάκη, και Αλέξανδρο Χωματιανό, οι οποίοι λίγο αργότερα προσέλαβαν δύο ακόμη, τους Ιωάννη Τοτλίκαρο και Γεώργιο Σοφιανό. Η Εταιρεία αυτή ήταν η πρώτη από τις δύο “Εταιρείες Φίλων των Μουσών” ή Φιλομούσων Εταιρειών που ιδρύθηκαν πριν τη Φιλική Εταιρεία.
Σκοπός των ιδρυτών ήταν «νά ίδωσι τάς επιστήμας να επιστρέψωσι πάλιν εις το Λύκειον και την αρχαίαν Ακαδημίαν των». Πράγματι την εποχή εκείνη πολλοί λόγιοι εμπνέονταν με την ιδέα να υψώσουν το πνευματικό επίπεδο των συμπατριωτών τους με την ίδρυση σχολείων, την περισυλλογή, διαφύλαξη και μελέτη των μνημείων, που με πόνο έβλεπαν να καταστρέφονται περισσότερο από την αμάθεια των κατοίκων, ή και να λεηλατούνται από τους διάφορους Ευρωπαίους.
Στη πλήρωση αυτών των αρχικά πολιτιστικών προσδοκιών απέβλεψε η ίδρυση της Εταιρείας αυτής που μέσω του Α. Χωματιανού, του οποίου μέλη της οικογενείας του διατελούσαν πρόξενοι της Αγγλίας στην Αθήνα, τέθηκε υπό την υποστήριξη των Άγγλων, που ενδιαφέρονταν παράλληλα για την εξάπλωση της επιρροής τους στη Μεσόγειο.
Με την ίδρυση της εταιρείας αποφασίσθηκε η εκλογή ως μέλους του Άνθιμου Γαζή που διέμενε στη Βιέννη, προκειμένου να συνδεθεί η Εταιρεία με τη Σχολή που είχε δημιουργήσει ο τελευταίος στις Μηλιές του Πηλίου μαζί με τους Κωνσταντά και Δανιήλ Φιλιππίδη. Την εκλογή αυτή αποδέχθηκε ο Άνθιμος με ενθουσιασμό, όπου και άρχισε να εγγράφει μέλη της εταιρείας πολλούς από τους εκεί επισήμους της Βιέννης, όπου και ενημέρωσε σχετικά επ’ αυτού και τον εκπρόσωπο του Τσάρου ελληνοφερόμενο Κόμη Ιωάννη Καποδίστρια (Κόμη Τζιοβάνι ντε Capo d’ Istria), που είχε μεταβεί εκεί για να λάβει μέρος στις εργασίες του Συνεδρίου της Βιέννης (Φθινόπωρο του 1814), καθώς και τον Μητροπολίτη Ουγγαρο-Βλαχίας Ιγνάτιο.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας λαμβάνοντας όμως υπόψη ότι η Φιλόμουσος Εταιρεία των Αθηνών τελούσε υπό την αγγλική προστασία άδραξε την ευκαιρία να δημιουργήσει άλλη ομώνυμη, Φιλόμουσο Εταιρεία στη Βιέννη και να τη θέσει υπό την προστασία του Τσάρου, γεγονός που ο Αλέξανδρος Α΄ της Ρωσίας αποδέχθηκε, αντισταθμίζοντας έτσι την αγγλική επιρροή στον ελλαδικό χώρο.
Οι ιδρυτές της Αθήνας βέβαια δεν δέχθηκαν καμία συζήτηση για συγχώνευση και καμία σημασία δεν έδωσαν στη συνέχεια για την Εταιρεία της Βιέννης. Γενικά η Φιλόμουσος Εταιρεία των Αθηνών έδρασε με μια ελάχιστη διακοπή το 1821, και στη συνέχεια καθ΄ όλη τη διάρκεια της Επανάστασης μέχρι της εισβολής του Κιουταχή το 1825.
Η Εταιρεία είχε εκλέξει τέσσερις εφόρους, οι οποίοι και συγκέντρωναν τις συνδρομές των μελών, η δε συνδρομή κάθε μέλους ήταν τρία ισπανικά τάληρα.
Από τον κατάλογο των συνδρομητών της Εταιρείας, που δημοσιεύτηκε το 1814, φέρονταν ήδη μέλη της πλήθος λογίων, αγωνιστών, εμπόρων και κληρικών, καθώς και επιφανείς ξένοι, ιδιαίτερα Άγγλοι, όπως ο λόρδος Γκίλφορντ κ.ά. Το 1816 επισκέφθηκε την Αθήνα η Πριγκίπισσα της Ουαλίας Καρολίνα μεταφέροντας τον ενθουσιασμό πολλών Άγγλων ευγενών της εποχής της.
Η Φιλόμουσος Εταιρεία των Αθηνών άκμασε κυρίως την περίοδο 1824 – 1825 οπότε όλες οι οικονομικές εισφορές των μελών της δόθηκαν για την ίδρυσή της και στον αγώνα των Ελλήνων.