Το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης, την 1 Σεπτεμβρίου του 1821, είναι ένα αιματηρό γεγονός της Επανάστασης του 1821, κατά το οποίο οι Τούρκοι σφαγίασαν το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού του νησιού.
Η νήσος Σαμοθράκη ξεσηκώθηκε από τα τοπικά μυημένα μέλη στη Φιλική Εταιρεία, με τη βοήθεια των Ψαριανών, τον Αύγουστο του 1821. Αλλά την 1η Σεπτεμβρίου 1821 η νήσος καταστράφηκε από τους Οθωμανούς, διά της γενικής σφαγής του άρρενος πληθυσμού, από τον Τούρκο υποναύαρχο Καρά-Αλή. Σφαγιάσθηκαν περίπου 10.000 άνδρες και αγόρια. Τα γυναικόπαιδα πουλήθηκαν στα παζάρια της Κωνσταντινουπόλεως και της Σμύρνης. Τα σπίτια τους κάηκαν. Αλλά οι αναφορές στό γεγονός είναι ελάχιστες. Π.χ. στην μαρτυρία του Lacroix υπάρχουν δύο και μόνον λέξεις επί του γεγονότος: «Οι Τούρκοι κατερήμωσαν ασπλάχνως την νήσον ταύτην εν τω υπέρ ανεξαρτησίας αγώνι…».
Ο Ίων Δραγούμης στο βιβλίο του «Σαμοθράκη» παραδίδει τα γεγονότα του ολοκαυτώματος, όπως τα άκουσε από τους κατοίκους του νησιού. Σύμφωνα με τον Δραγούμη, οι Σαμοθρακίτες, όταν έμαθαν για τον ξεσηκωμό του γένους το Μάρτιο του ’21, αρνήθηκαν να πληρώσουν το φόρο, παρά τις παραινέσεις του απεσταλμένου των Τούρκων, ενός Ιμβριώτη με το όνομα Λογοθέτης. Οι Σαμοθρακίτες φοβήθηκαν ότι η άρνησή τους θα προκαλούσε την οργή των Τούρκων και έτσι άρχισαν να προετοιμάζονται για να αμυνθούν με την καθοδήγηση ενός Σαμιώτη, που γνώριζε τη χρήση των όπλων. Όταν την 1 Σεπτεμβρίου αποβιβάστηκαν στο νησί στην περιοχή Μακρυλιές περίπου 1000 – 2000 Τούρκοι, οι Σαμοθρακίτες άρχισαν να φεύγουν στα βουνά και οι λίγοι που δοκίμασαν να αντισταθούν υπό τις διαταγές του ανώνυμου Σαμιώτη σκορπίστηκαν γρήγορα.
Η καταστροφή ήταν ολοκληρωτική. Εφτακόσιους από τους κατοίκους που είχαν καταφύγει στα βουνά, οι Οθωμανοί, τους έφεραν πίσω με δόλο, δίνοντάς τους την εντύπωση ότι θα τους δώσουν χάρη. Όμως στην τοποθεσία «Εφκάς» στο κάστρο της πρωτεύουσας, της Χώρας, τους δολοφόνησαν όλους. Το ρυάκι αυτό ωνομάσθηκε Εφκάς (Επτακοσίας) από τον αριθμό των εκεί σφαγέντων Σαμοθρακών. Ακολούθησε η βίαιη σφαγή όσων είχαν απομείνει στο νησί και έπεφταν στα χέρια των Τούρκων, η οποία σύμφωνα με την αφήγηση του Δραγούμη, κράτησε ένα μήνα. Ο Δραγούμης περιγράφει τη βαρβαρότητα των Τούρκων απέναντι στον άμαχο πληθυσμό, που είτε εκτελέστηκαν είτε πουλήθηκαν ως σκλάβοι στην Κωνσταντινούπολη. Από τη σφαγή γλύτωσαν 33 οικογένειες. Ο ίδιος συγγραφέας παραδίδει και την ιστορία με το τρυπημένο από τουρκική λόγχη ευαγγέλιο, που βρίσκεται σήμερα στο Εθνολογικό Μουσείο.
Ο Πουκεβίλ συμπληρώνει την αφήγηση του Δραγούμη όσον αφορά τις βιαιότητες εναντίον των κατοίκων του νησιού και επισημαίνει ότι η αντεπίθεση των Ελλήνων στη Χαλκιδική και η σφαγή της Τουρκικής προφυλακής στον Άγιο Μάμα ήταν τα αντίποινα για το ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης. Ο Πουκεβίλ διηγείται και τη θαρραλέα πράξη της Κωνσταντίας, η οποία, όταν είδε τον άνδρα της Θεόφιλο νεκρό στα πόδια της και ενώ απάγονταν για να πουληθεί, αυτοκτόνησε με το μαχαίρι του τούρκου φύλακά της προτιμώντας το θάνατο από τη σκλαβιά.
Μόνο μετά από 6ετή ερήμωση άρχισαν κάποιοι να επανέρχονται στo νησί. Πρώτα οι Σαμοθρακίτες διασωθέντες σε γειτονικά νησιά κι έπειτα κι άλλοι, από την Θράκη, Λέσβο, Ίμβρο, Θάσο, Λήμνο, αλλά και από Ήπειρο, Μάνη και Κυδωνιές. Σημαντικός παράγοντας του ολοκαυτώματος αποτελεί και ο εξισλαμισμός πολλών Σαμοθρακιτών. Πέντε Σαμοθρακίτες, που επέστρεψαν στο νησί το 1837, επειδή έμειναν πιστοί στη χριστιανική θρησκεία, θανατώθηκαν στο χωριό Μάκρη, λίγο έξω από την Αλεξανδρούπολη. Αυτοί ήταν οι Μανουήλ Παλογούδας, Μιχαήλ Κύπριος, Θεόδωρος Δημ. Καλάκου, Γεώργιος Κουρούνης και Γεώργιος, οι οποίοι τιμώνται ως νεομάρτυρες την Κυριακή του Θωμά και τα λείψανά τους φυλάσσονται στην εκκλησία της Παναγίας στη Σαμοθράκη.
Την καταστροφή της Σαμοθράκης την απεικόνισε ο Γάλλος Αύγουστος Βινσόν (Αuguste Vinchon) σε έναν πίνακα με θέμα τη σφαγή της Σαμοθράκης (“Après le massacre de Samothrace”), που βρίσκεται στο Λούβρο. Το ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης παρέμεινε άγνωστο και η τυπική αναφορά στη θυσία των κατοίκων της στην εθνική παλιγγενεσία, αναγνωρίστηκε από την Ακαδημία Αθηνών μόλις το 1980.