Το καλοκαίρι του 1825 ο Λάζαρος Κουντουριώτης συνέλαβε ένα παράτολμο εγχείρημα, το οποίο, κατόπιν έγκρισης της ελληνικής επαναστατικής διοίκησης, ανέλαβε να φέρει σε πέρας ο Κανάρης. Ο Μωχάμετ Άλη είχε συγκεντρώσει στην Αλεξάνδρεια περίπου 60 μεγάλα πολεμικά και τριπλάσια φορτηγά πλοία. Μ’ αυτά προετοίμαζε το καλοκαίρι του 1825 να στείλει στρατό στην επαναστατημένη Ελλάδα (ο οποίος στρατός χρησιμοποιήθηκε αργότερα στην άλωση του Μεσολογγίου). Το σχέδιο του Κανάρη προέβλεπε να πάνε κάποια ελληνικά πλοία στην Αλεξάνδρεια και να κάψουν τον αιγυπτιακό στόλο. Έτσι θα σταματούσε και το λαθρεμπόριο που έκαναν Γάλλοι, φίλοι του Μωχάμετ Άλη, σε βάρος του ελληνικού αγώνα. Το σχέδιο εγκρίθηκε και η αρχηγία του ελληνικού στόλου ανατέθηκε στον πλοίαρχο Μανόλη Τομπάζη.
Στις 10 Αυγούστου 1825, ο Τομπάζης και ο Αντώνιος Κριεζής, μαζί με τα πυρπολικά του Αντώνιος Βώκος, του Μανώλη Μπούτη και του Κανάρη, έφθασαν έξω από την Αλεξάνδρεια. Την έκτη εσπερινή ώρα που έφθασαν προ της Αλεξάνδρειας, έπλεε μεν ούριος άνεμος αλλά για να μπουν μέσα στο λιμάνι χρειάζονταν κάποιον πιλότο επειδή υπήρχαν πολλοί ύφαλοι.
Ο Κανάρης θεώρησε ότι έπρεπε να επιτεθεί άμεσα γιατί ήταν τέτοια η διάταξη των αιγυπτιακών πλοίων που με τον άνεμο ο οποίος φυσούσε, θα υφίσταντο πανωλεθρία σε μια επίθεση με πυρπολικά. Εξαπατώντας τον πιλότο, ύψωσε ρωσική σημαία και μπήκε μόνος του στο λιμάνι. Προσπάθησε να πλησιάσει τον εχθρικό στόλο αλλά ο άνεμος έπεσε ξαφνικά, οπότε άρχισε να κόβει βόλτες μέσα στο λιμάνι, προσπαθώντας να φθάσει στον μυχό. Όταν βρέθηκε δίπλα στο γαλλικό πολεμικό «Μέλισσα», κατάλαβε ότι είχε γίνει αντιληπτός. Έβαλε λοιπόν φωτιά στο πυρπολικό, μπήκε με τους ναύτες του στη βάρκα διαφυγής και προσπάθησε να βγει απ’ το λιμάνι. Το πλήρωμα της «Μέλισσας» άρχισε να πυροβολεί και το πυρπολικό και τη βάρκα του Κανάρη. Ο άνεμος δυνάμωσε και το πυρπολικό, καιόμενο, πλησίασε τον αιγυπτιακό στόλο απειλητικά. Ο πλοίαρχος Αργκύς, κυβερνήτης της «Μέλισσας» έγραψε στην έκθεσή του: «Εάν το πλοίον αυτό προσκολλάτε κατά κακήν μοίραν εις την φρεγάταν της πρωτοπορίας, η σύγχυσις ήθελε εμπέσει εις τον υπόλοιπον στόλον, τα δε άλλα δύο πυρπολικά ήθελον προσδράμει, προσβάλλοντα έτερα πλοία. Η καταστροφή θα ήτο τρομερά, ολοκληρωτική δε η νίκη των Ελλήνων. Αλλ’ η Μέλισσα κατά κάποιον τρόπο τους παρημπόδισε». Ο Κανάρης, ενώ έβαλλαν εναντίον του και από τα πλοία και από παράκτια πυροβολεία, κατάφερε να διαφύγει και να φθάσει στον ελληνικό στόλο, ο οποίος είχε ήδη υψώσει ελληνική σημαία. Ο Μωχάμετ Άλη πήρε μερικά πλοία και κυνήγησε τους Έλληνες μέχρι τις ακτές της Καραμανίας χωρίς αποτέλεσμα.
Το ότι ο στόχος δεν επετεύχθη δεν οφείλεται σε λάθος του Κανάρη και ούτε μειώνει το μεγαλείο του εγχειρήματος.
Ο Κανάρης φαίνεται πως δεν έβλεπε τους Γάλλους ως εχθρούς. Αντιθέτως, έστειλε τον γιο του, τον Θεμιστοκλή, να εκπαιδευθεί στο Παρίσι υπό την επίβλεψη τού εκεί Φιλελληνικού Κομιτάτου, το οποίο άλλωστε τον είχε προσκαλέσει.