Το Νοέμβριο του 1828, υπογράφεται από τις Μ. Δυνάμεις το πρωτόκολλο του Λονδίνου, με το οποίο η επικράτεια του νέου ελληνικού κράτους περιορίζεται στην Πελοπόννησο και στις Κυκλάδες, παρά τις παραστάσεις και το υπόμνημα που υποβάλλει ο Καποδίστριας σύμφωνα με το οποίο:
“Τα όρια της Ελλάδος από του 1821 καθορίζονται υπό του αίματος του εκχυθέντος εις τα σφαγεία των Κυδωνιών, της Κύπρου, της Χίου, της Κρήτης, των Ψαρών και του Μεσολογγίου …».
Ο Κυβερνήτης Καποδίστριας, αντιδρώντας προς τους δυσμενείς όρους του πρωτοκόλλου, από τη μια στέλλει μυστικά υπομνήματα στη Ρωσία και τη Γαλλία με στόχο τη στήριξη των ελληνικών θέσεων, ώστε τα σύνορα του κράτους να επεκταθούν στη γραμμή Αμβρακικός – Παγασητικός και να μην αποχωρήσουν τα ελληνικά στρατεύματα από τη Στερεά Ελλάδα, για λόγους ασφαλείας των ελληνικών πληθυσμών. Από την άλλη, προσπαθεί να δημιουργήσει τετελεσμένα, γι’ αυτό και ζητά να συνεχιστούν οι στρατιωτικές επιχειρήσεις στη Στερεά Ελλάδα. Αποτέλεσμα των διπλωματικών κινήσεων του Καποδίστρια είναι η υπογραφή από τις Μ. Δυνάμεις του πρωτοκόλλου του Λονδίνου στις 10/22 Μαρτίου του 1829.
Με αυτό, τα σύνορα του νέου κράτους καθορίζονται στο ύψος του Αμβρακικού, δυτικά, στο ύψος της Άρτας, και του Παγασητικού ανατολικά, στο ύψος του Βόλου, με την αξίωση ανάκλησης των ελληνικών στρατευμάτων από τη Στερεά Ελλάδα, η οποία είχε σχεδόν απελευθερωθεί, πλην ορισμένων πόλεων της Αιτωλοακαρνανίας, μεταξύ των οποίων και η Ναύπακτος, η οποία, με την οχύρωσή της, αποτελούσε στρατηγικό κόμβο μεγάλης σημασίας.
Γι’ αυτό και η ανάγκη συνέχισης των πολεμικών επιχειρήσεων, εκ μέρους των ελλήνων, είναι μονόδρομος, παρά τις αντιδράσεις της Αγγλίας.
Ταυτόχρονα, ο Κυβερνήτης, γνωρίζοντας τη διάσταση απόψεων μεταξύ Αγγλίας και Γαλλίας, αποφασίζει την γρήγορη εξέλιξη των γεγονότων, με στόχο τη βελτίωση των δεδομένων για την Ελλάδα, που θα προκύψουν από τις στρατιωτικές επιτυχίες στη Στερεά, παρά την απαίτηση της Αγγλίας για άμεση αποχώρηση των ελληνικών στρατευμάτων. Μάλιστα, στα πλαίσια των πολιτικών διεργασιών, στις 23 Ιανουαρίου 1829, διορίζει “Πληρεξούσιο Τοποτηρητή” στη Στερεά Ελλάδα τον αδερφό του Αυγουστίνο, πράξη καθαρά πολιτική, δεδομένης της άγνοιας του Αυγουστίνου σχετικά με τα στρατιωτικά. Ταυτόχρονα, σε διπλωματικό επίπεδο, συνεχίζει τις προσπάθειές του για τη διεύρυνση των συνόρων του νέου κράτους.
Στις 25 Φεβρουαρίου 1829, ο Αυγουστίνος διατάζει τον αποκλεισμό των φρουρίων της Ναυπάκτου και του Αντιρρίου.
Στις 10 Μαρτίου απευθύνει στους πολιορκημένους του φρουρίου του Αντιρρίου, το Καστέλι της Ναυπάκτου, όπως το ονομάζει, επιστολή με την οποία τους τονίζει ότι έχει διαταγή από τον Κυβερνήτη της Ελλάδας να πολιορκήσει και να πολεμήσει το Καστέλι, καθώς και το φρούριο της Ναυπάκτου, και να απομακρύνει με τη βοήθεια του Θεού, είτε με συμβιβασμό, είτε με πολέμους, όλα τα Οθωμανικά στρατεύματα, τόσον από αυτά, όσο και από όλη την Στερεά Ελλάδα. Τους προτείνει να του παραδώσουν το Καστέλι και σε αντάλλαγμα θα αφήσει ελεύθερους όλους τους στρατιώτες, στους οποίους θα δοθούν πλοία και τρόφιμα, για να πάνε όπου θέλουν, μαζί με τα άρματα και όλη τους την περιουσία.
Η πρόταση είναι διατυπωμένη σε μορφή τελεσιγράφου, αφού οι Οθωμανοί θα πρέπει να απαντήσουν, αν την αποδέχονται, εντός 24 ωρών. Η απάντηση δίδεται την ίδια μέρα. Σ’ αυτήν, οι Οθωμανοί τονίζουν ότι η πίστη τους δεν επιτρέπει να παραδώσουν κάστρο χωρίς πόλεμο. Ωστόσο ζητούν να πάει για συνομιλίες ο Ιωάννης Παπαρρηγόπουλος, τον οποίο γνωρίζουν καλά, όπως και γίνεται, με εντολή του Αυγουστίνου Καποδίστρια. (Ο Παπαρρηγόπουλος καταγόταν από τη Νάξο και ήταν διερμηνέας του Ρωσικού Προξενείου στην Πάτρα. Ως αντιπρόσωπος της Φιλικής Εταιρείας, γνωριζόταν προσωπικά με τον Αλή Πασά των Ιωαννίνων και ήταν γνωστός σε πολλούς τούρκους επισήμους της περιοχής, γι’ αυτό και τον ζήτησαν για τις συνομιλίες).
Οι Τούρκοι, μετά από συζητήσεις με τον απεσταλμένο του τοποτηρητή και αφού συνειδητοποιούν ότι βρίσκονται σε δύσκολη θέση, συμφωνούν να παραδώσουν το φρούριο, αφού όμως προηγουμένως γίνει ένας ψευτοπόλεμος, για να μην επισύρουν την οργή του φρουράρχου της Ναυπάκτου Ιμπραήμ Κιορ πασά.
Στα «Στρατιωτικά Ενθυμήματα της Επαναστάσεως» ο Νικόλαος Κασομούλης γράφει σχετικά:
«Επειδή αύτη η παράδοση ημπορούσε να σύρει την οργή του εν Ναυπάκτω Κιόρ Πασά, οι οθωμανοί εσυμφώνησαν μυστικά να πυροβοληθούν πλαστώς, κατά σειρά, δύο νύκτες και ημέρες τα στρατεύματα – προσέχοντες και τα δύο μέρη να μην βλάψουν οι σφαίρες κανένα – για να δικαιολογήσουν την παράδοση, ότι έγινε μετά δύο ημερών σφοδρόν πόλεμον». Μετά το τέλος του ψευτοπολέμου, στις 13 Μαρτίου, υπογράφεται η συνθήκη παράδοσης του Φρουρίου του Αντιρρίου.
Ο Αυγουστίνος Καποδίστριας δίνει εντολή για την πιστή εκτέλεση της συνθήκης, ώστε να μην υπάρξουν παράπονα από μέρους των τούρκων και αυθημερόν αναγγέλλει την κατάληψη του Αντιρρίου στον Κυβερνήτη και στο Γενικό Φροντιστήριο.
Μετά την πτώση του Αντιρρίου όλες οι διαθέσιμες ελληνικές δυνάμεις κινούνται εναντίον της Ναυπάκτου, αποκλείοντας στενά το φρούριο της πόλης και από τη στεριά, από την παραλία ως την ακρόπολη το Ιτς Καλέ, και από τη θάλασσα με το στόλο του Μιαούλη. Από τις 29 Μαρτίου και μετά η πολιορκία γίνεται πιο στενή και μετατρέπεται σε τειχομαχία. Τελικά οι τούρκοι, πιεζόμενοι και μην περιμένοντας βοήθεια από πουθενά, αποφασίζουν να συνθηκολογήσουν. Ήδη από τις 10 Μαρτίου ο τοποτηρητής είχε αποστείλει και στη φρουρά της Ναυπάκτου παρόμοια πρόσκληση παράδοσης με αυτή του Αντιρρίου. Διαπραγματευτής με τους αποκλεισμένους τούρκους της Ναυπάκτου αναλαμβάνει και πάλι ο Ιωάννης Παπαρρηγόπουλος.
Η πρώτη επαφή γίνεται στις 28 Μαρτίου. Ωστόσο οι διαπραγματεύσεις κρατούν αρκετά, επειδή οι τούρκοι είναι δύσπιστοι, ίσως λόγω και της απόπειρας λεηλασίας, από τους ατάκτους, στο Αντίρριο.
Στις 10 Απριλίου ο απεσταλμένος του Ιμπραήμ Κιόρ Πασά, Αχμέτ Μπέης επισκέπτεται τον Κυβερνήτη Καποδίστρια, ο οποίος βρίσκεται στην περιοχή από τις 8 Απριλίου, προς ηθική ενίσχυση και στήριξη του αδελφού του Αυγουστίνου, για να τον καλωσορίσει και να συνομιλήσει μαζί του για δεκαήμερη ανακωχή. Η κίνηση αυτή, από τη μεριά του Κιόρ Ιμπραήμ Πασά, πηγάζει από τη συνειδητοποίηση του ότι έχει φτάσει πλέον το τέλος και προσπαθεί να κερδίσει χρόνο. Ο Κυβερνήτης διαβεβαιώνει τον Αχμέτ Μπέη για την ασφάλεια των τούρκων, σε περίπτωση που παραδώσουν το φρούριο και αποχωρήσουν. Το αποτέλεσμα αυτής της συνάντησης είναι η υπογραφή, την επομένη, 11 Απριλίου 1829, με τη μεσολάβηση του Παπαρρηγόπουλου, δεκαήμερης ανακωχής και συνθήκης παράδοσης του φρουρίου, η οποία επικυρώνεται από τον ίδιο τον Κυβερνήτη, που βρίσκεται στη φρεγάτα «Ελλάς».
Η εκκένωση της πόλης ολοκληρώνεται στις 22 Απριλίου, οπότε και εισέρχονται στην πόλη το σύνολο των ελληνικών στρατευμάτων. Εκτός από τους Οθωμανούς, που μετακινούνται με πλοία, ένα μικρό τμήμα, αποτελούμενο από 18 άντρες με 40 άλογα, συνοδευόμενο από τη Β’ χιλιαρχία του ελληνικού στρατού, μετακινείται διά ξηράς στη Βόνιτσα και από εκεί, με πλοιάρια, στην Πρέβεζα.
Σύμφωνα με τους όρους της συνθήκης η εκκένωση της πόλης θα ξεκινούσε στις 21 Απριλίου. Ωστόσο, λόγω της καλής συμπεριφοράς του Τοποτηρητή προς τον Πασά, αλλά και του ελληνικού στρατού έναντι της Οθωμανικής φρουράς, όπως αναφέρει ο ίδιος ο Τοποτηρητής, στην αναφορά του προς τη Γενική Γραμματεία της Επικράτειας, η εκκένωση αρχίζει στις 17 με 18 Απριλίου. Αμέσως τότε, στις 18 Απριλίου, εισέρχονται στο κάστρο 200 άνδρες του τακτικού στρατού, με επικεφαλής τον Συνταγματάρχη Πιέρη, και υψώνεται στην Ακρόπολη, στο Ιτς Καλέ, η ελληνική σημαία. Στις 28 Απριλίου ο Πληρεξούσιος Τοποτηρητής Αυγουστίνος Καποδίστριας εισέρχεται θριαμβευτικά στην πόλη και εκδίδει διακήρυξη στην οποία μεταξύ των άλλων αναφέρει:
«Κυματίζει τέλος πάντων η ελληνική σημαία εις την ακρόπολιν της Ναυπάκτου, και το σεμνόν του σταυρού σημείον, μετά παρέλευσιν ήδη 140 ετών, ανυψώθη πάλιν εις τα υψηλά ταύτα τείχη …».
Επίσης στην ίδια διακήρυξη ευχαριστεί, εκ μέρους του Κυβερνήτη, όλους τους συμμετέχοντες και τους μοιράζει χρηματικά δώρα: 45000 γρόσια στους στρατιώτες της ξηράς, 15000 στους ναύτες του στόλου και 4000 στους τακτικούς και στο πυροβολικό, ένδειξη της μεγάλης σημασίας που είχε η απελευθέρωση της Ναυπάκτου, για την επίτευξη των διπλωματικών στόχων του Ιωάννη Καποδίστρια σε σχέση με τα σύνορα του νέου κράτους.
Η συνθήκη παράδοσης του φρουρίου της Ναυπάκτου εφαρμόστηκε με ακρίβεια. Όλοι οι εμπλεκόμενοι, στρατιώτες και ναύτες, επέδειξαν πλήρη κατανόηση και σεβασμό στους όρους που προέβλεπε. Γι’ αυτό ακριβώς και οι άτακτοι στρατιώτες, ωθούμενοι από την κλίση για λαφυραγωγία, κατέκριναν τους αρχηγούς τους, γιατί η συμφωνία παράδοσης δεν ήταν όπως αυτοί ήθελαν, με αποτέλεσμα, όταν όρμησαν στα σπίτια, να μην βρουν τίποτα.
Η πιστή εφαρμογή της συνθήκης παράδοσης επιβεβαιώνεται και από τις ευχαριστήριες επιστολές που έστειλε ο Ιμπραήμ Κιόρ Πασάς της Ναυπάκτου προς τον Τοποτηρητή Αυγουστίνο Καποδίστρια και προς το ναύαρχο Μιαούλη, όταν έφτασε στην Πρέβεζα στις 26 Απριλίου 1829.
Η μελέτη της ιστορίας αποτελεί την πυξίδα για τη διατήρηση της εθνικής υπόστασης. Οι σώφρονες επιγενόμενοι οφείλουν να ανοίγουν την κιβωτό της ιστορικής μνήμης, για να πληροφορούνται οι νεότεροι τους αγώνες και τις θυσίες των προγόνων τους και να διδάσκονται απ’ αυτούς.
Σε μια περίοδο που οι σειρήνες του εθνομηδενισμού και του εθνικολαϊκισμού μας πολιορκούν, η ιστορική μνήμη πρέπει να είναι πάντα ζωντανή και πάντα γρηγορούσα, αφού η κατανόηση του παρελθόντος είναι το κλειδί για την αποφυγή των τραυματικών βιωμάτων του και για τη νοηματοδότηση του παρόντος.