Στις 23 Φεβρουαρίου 1827 ο Καραϊσκάκης επέστρεψε στην Ελευσίνα αφού είχε ελευθερώσει όλη την Στερεά Ελλάδα, εκτός του Μεσολογγίου, της Βόνιτσας και της Ναυπάκτου.
Όταν γύρισε μετά την τετράμηνη νικηφόρα περιοδεία του, έχοντας χίλιους περίπου άνδρες, μετέφερε το στρατόπεδό του στο Κερατσίνι, στα υψώματα του οποίου έχτισε «ταμπούρια» (μικρές οχυρώσεις) όπου δέχθηκε επιθέσεις των Τούρκων, ιδιαίτερα στις 4 Μαρτίου 1827.
Στις αρχές του Απριλίου του 1827 προσήλθαν και οι διορισμένοι από την Συνέλευση της Τροιζήνας (Κυβέρνηση), «στόλαρχος πασών των ναυτικών δυνάμεων», Κόχραν μαζί με τον Τσωρτς, «διευθυντή χερσαίων δυνάμεων» για να «συνδράμουν τον Αγώνα».
Με τους δύο ξένους ο Καραϊσκάκης δεν είχε και τις καλύτερες σχέσεις τόσο για την τακτική του πολέμου, όσο και για την οργάνωση του στρατού.
Οι διαταγές των δύο αξιωματικών «παρέλυαν» εκείνες του Καραϊσκάκη.
Αυτό οδήγησε τον Αρχιστράτηγο να επεμβαίνει προσωπικά σε όλες τις συμπλοκές, ακόμη και τις μικρότερες κάνοντας ένα μοιραίο -όπως αποδείχθηκε- σφάλμα. Μάλιστα ο Κολοκοτρώνης διεμήνυσε στον Καραϊσκάκη να αποφεύγει τις άσκοπες αψιμαχίες και ακροβολισμούς για να μη φονεύονται και οπλαρχηγοί τους οποίους «κυνηγά το βόλι».
Ο Καραϊσκάκης όμως έχοντας ατίθασο χαρακτήρα, παρά τις συστάσεις και παρά την κατάσταση της υγείας του, αποφάσισε να ανακόψει τους ακροβολισμούς των Τούρκων.
Η μοιραία επιχείρηση
Η επιχείρηση ορίσθηκε να πραγματοποιηθεί τη νύχτα της 22ας προς την 23η Απριλίου 1827, έχοντας συμφωνήσει κανείς να μην ξεκινήσει άκαιρα τους πυροβολισμούς πριν δοθεί το σύνθημα για γενική επίθεση. Το απόγευμα της 22ας Απριλίου ακούστηκαν πυροβολισμοί από ένα Κρητικό οχύρωμα. Οι Κρητικοί προκαλούσαν τους Τούρκους και καθώς εκείνοι απαντούσαν οι εχθροπραξίες γενικεύτηκαν.
Ο Καραϊσκάκης, παρότι άρρωστος βαριά, έφτασε στον τόπο της συμπλοκής.
Εκεί μια σφαίρα τον τραυμάτισε θανάσιμα στο υπογάστριο. Οι γιατροί που ανέλαβαν την περίθαλψή του, γρήγορα κατάλαβαν πως θα κατέληγε.
Ο Καραϊσκάκης μεταφέρθηκε στο στρατόπεδό του στο Κερατσίνι και υπαγόρευσε τη διαθήκη του που ιδιόχειρα υπέγραψε. Η τελευταία κουβέντα που είπε στους συμπολεμιστές του, κατά τον Στρατηγό Μακρυγιάννη που τον επισκέφθηκε, ήταν:
«Εγώ πεθαίνω. Όμως εσείς να είστε μονιασμένοι και να βαστήξετε την πατρίδα».
Την επομένη, στις 23 Απριλίου 1827 ο Αρχιστράτηγος Γεώργιος Καραϊσκάκης υπέκυψε στο θανατηφόρο τραύμα του μέσα στο εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου στο Κερατσίνι, ανήμερα της γιορτής του. Η σορός του μεταφέρθηκε στην εκκλησία του Αγίου Δημητρίου στη Σαλαμίνα όπου ετάφη και θρηνήθηκε από το πανελλήνιο.
Αναφέρεται πως όταν ο Κολοκοτρώνης έμαθε τον θάνατο του Καραϊσκάκη «κάθισε σταυροπόδι» και μοιρολογούσε σαν γυναίκα.
Ο Δημήτριος Ανιάν, γραμματέας του Καραϊσκάκη που έγραψε την βιογραφία του το 1833, αναφέρει τό εξής, που ο Καραϊσκάκης πριν πεθάνει εμπιστεύτηκε στους Χατζηπέτρο και Γρίβα: «…Λέγουν ότι εν παρόδω τρόπον τινά ανέφερε εις αυτούς ότι επληγώθη από το μέρος των Ελλήνων, ότι εγνώριζεν τον αίτιον και ότι, αν ήθελε ζήση, ήθελε τον κάμει γνωστόν και εις το στρατόπεδον» ( Δ. Αινιάν, Ο Καραϊσκάκης, σ.185).