Μια από τις λαμπρότερες και ενδοξότερες σελίδες της νεότερης ελληνικής ιστορίας, είναι το ολοκαύτωμα της Μονής Αρκαδίου της Κρήτης, στις 9 Νοεμβρίου 1866. Η Μονή και η ανατίναξη των πολιορκημένων σ’ αυτή, έγιναν σύμβολα ηρωισμού και αυτοθυσίας και προκάλεσαν μεγάλη εντύπωση σε Ευρώπη και Αμερική, ενισχύοντας το φιλελληνικό ρεύμα.
Η μονή Αρκαδίου βρίσκεται σε απόσταση 22 χιλιομέτρων από το Ρέθυμνο και σε υψόμετρο 500 μέτρων, στη βορειοδυτική πλευρά του Ψηλορείτη.
Δεν είναι γνωστό πότε ακριβώς χτίστηκε η μονή, πιθανότατα όμως ιδρύθηκε μεταξύ 961 και 1204 ή στα πρώτα χρόνια της Βενετοκρατίας (12ος αι.). Ιδρυτής της θεωρείται κάποιος μοναχός Αρκάδιος, απ’ όπου πήρε και το όνομα της.
Ο τουρκικός ζυγός στο νησί της Κρήτης μετρούσε ήδη διακόσια πενήντα χρόνια όταν -μετά από συνεχιζόμενους ξεσηκωμούς- Κρήτες επαναστάτες άρχισαν να συγκεντρώνονται στο Αρκάδι από τις 3 Μαρτίου του 1866 για να φθάσουν το Μάϊο να αριθμούν τους 1.500 πολεμιστές από όλη την Κρήτη που συγκεντρώθηκαν για να εξελέξουν πληρεξουσίους για τις διάφορες επαρχίες της Κρήτης. Η μονή Αρκαδίου από την πρώτη στιγμή της Επανάστασης υπήρξε το επίκεντρο των αγώνων λόγω της σπουδαίας στρατηγικής της σημασίας. Οι Τούρκοι ζήτησαν από τον ηγούμενο Γαβριήλ Μαρινάκη να διώξει την Επαναστατική Επιτροπή από το μοναστήρι με την απειλή ότι θα το καταστρέψουν αλλά ο ηγούμενος αρνήθηκε. Στις 24 Σεπτεμβρίου αφίχθηκε ο συνταγματάρχης του Ε.Σ. Π. Κορωναίος με λίγους εθελοντές και ανακηρύχθηκε αρχηγός. Ο Κορωναίος έκρινε ότι η τοποθεσία δεν ήταν κατάλληλη για άμυνα, όμως ο Ηγούμενος της Μονής Γαβριήλ δεν ήθελε να την εγκαταλείψει. Έτσι προχώρησε σε αμυντικές προπαρασκευές, εγκατέστησε ως φρούραρχο τον ανθυπολοχαγό Ι. Δημακόπουλο και μετέβη στις επαρχίες προς στρατολόγηση πολεμιστών.
Ο τουρκικός στρατός, αποτελούμενος από 15.000 τακτικό στρατό και υποστηριζόμενος από τριάντα κανόνια, υπό τον Μουσταφά Ναϊλή Πασά, εξεστράτευσε εναντίον της Μονής. Παράλληλα ζήτησε από τον ηγούμενο Γαβριήλ να παραδοθεί. Η απάντηση ήταν αρνητική. Στο μοναστήρι υπήρχαν 964 ψυχές, 325 άνδρες και οι υπόλοιποι γυναικόπαιδα.
Η επίθεση ξεκίνησε στις 8 Νοεμβρίου. Στις μάχες διακρίθηκαν οι: Δημακόπουλος, Αδάμ Παπαδάκης, Σπύρος Ολύμπιος, Κούβος, Δενιανάκης, Γαληνάκης. Τη δεύτερη όμως ημέρα η εξωτερική γραμμή άμυνας διασπάται, σκοτώνεται ο Ηγούμενος Γαβριήλ και οι Τούρκοι εισέρχονται στον περίβολο της Μονής. Εξαντλημένοι και με βέβαιη την αιχμαλωσία και όλα τα συνακόλουθα, ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης από το χωριό Άδελε του Ρεθύμνου κλείνεται μαζί με άλλους πολεμιστές και γυναικόπαιδα στην πυριτιδαποθήκη. Η πυροδότηση των βαρελιών με το μπαρούτι προκάλεσε την καταστροφή της Μονής και το θάνατο πολλών Ελλήνων, αλλά και πολλών Τούρκων εισβολέων. Ο κρότος λέγεται ότι ακούστηκε μέχρι το Ηράκλειο.
Μετά την ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης ο Ι. Δημακόπουλος συνέχισε να μάχεται κατά των Τουρκαλβανών στον περίβολο της Μονής. Ο ίδιος την 9η Νοεμβρίου αποφάσισε να παραδοθεί στον τακτικό τουρκικό στρατό όταν έλαβε εγγυήσεις για την ζωή των τελευταίων υπερασπιστών που μάχονταν μέσα από τα ερείπια. Ωστόσο, την επομένη εκτελέστηκε με αποκεφαλισμό τόσο αυτός όσο και οι περισσότεροι αιχμάλωτοι.
Από τα 966 άτομα που είχαν κλειστεί στο Αρκάδι μόνο 3 ή 4 κατάφεραν να ξεφύγουν, 114 αιχμαλωτίστηκαν ενώ οι υπόλοιποι σκοτώθηκαν. Και οι Τούρκοι όμως, είχαν βαρύτατες απώλειες, καθώς 1.500 ή 3.000, σύμφωνα με διάφορους υπολογισμούς.
Από όλες τις θυσίες που πρόσφερε η Κρήτη μεσουρανεί το Αρκάδι. Η μονή Αρκαδίου ύψωσε το αίτημα της κρητικής ελευθερίας και ξεσήκωσε τα φιλελληνικά αισθήματα της Ευρώπης, αλλάζοντας τη νοοτροπία και την τακτική των ευρωπαϊκών δυνάμεων απέναντι στο Κρητικό ζήτημα.
Μετά την καταστροφή του, το 1866, το Μοναστήρι του Αρκαδίου ανοικοδομήθηκε πλήρως και αναστηλώθηκε στην πρότερή του μορφή. Μόνο ένα μισοκαμένο τέμπλο στα αριστερά της Αγίας Τράπεζας και μια μπάλα κανονιού σφηνωμένη στο αιωνόβιο κυπαρίσσι στα δεξιά της εκκλησίας μαρτυρούν το αίμα που χύθηκε πριν περίπου 150 χρόνια.