Σχεδόν αμέσως μετά την κατάληψη του Μεσολογγίου από τους Τούρκους, στην Ελλάδα επεκράτησε το απόλυτο χάος. Ο Ιμπραήμ έφυγε από το Μεσολόγγι και ξαναγύρισε στην Πελοπόννησο, όπου κατέλαβε όλες σχεδόν τις πόλεις. Ο κόσμος εκεί τον προσκυνούσε από φόβο και αυτός κατέκαιε με απάνθρωπο τρόπο πόλεις και χωριά. Σε εκείνη μάλιστα την καταστροφική του πορεία βρήκε συμπαραστάτη τον γνωστό προδότη Δημήτριο Νενέκο, ο οποίος ήταν υπο-οπλαρχηγός της περιοχής των Πατρών.
Ο Κιουταχής, ο άλλος πολιορκητής, φεύγοντας από το Μεσολόγγι και αφού εγκατέστησε εκεί μία ισχυρή δύναμη, τράβηξε προς Αττική με σκοπό να καταλάβει την Αθήνα. Πέρασε από την Φωκίδα, Βοιωτία, Θήβα και τελικά μπήκε στην Αττική. Από όπου περνούσε ο κόσμος τον προσκυνούσε φοβούμενος την καταστροφική του μανία.
Εκείνη την περίοδο, η Κυβέρνηση της Ελλάδας, αδύναμη να τιθασεύσει τις αντιμαχόμενες παρατάξεις των Ελλήνων, που γύριζαν πεινασμένοι από δω και από κει, προσπαθούσε με την βοήθεια των ξένων Δυνάμεων Ρωσίας, Αγγλίας και Γαλλίας, να πετύχει μία υπό όρους ανακωχή με την Πύλη. Η Πύλη όμως, μαθαίνοντας ότι ο Κιουταχής επρόκειτο πολύ σύντομα να καταλάβει την Αθήνα, απέρριπτε κάθε πρόταση για συνθηκολόγηση που ερχόταν από τις τρεις αυτές Δυνάμεις. Όταν όμως, στις 28 Μαΐου του 1827, πληροφορήθηκε την πτώση της Αθήνας στους Τούρκους, διεμήνυσε στις τρεις Δυνάμεις, με έντονο ύφος, ότι το λοιπόν απαγόρευε την ανάμιξή τους στα εσωτερικά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, καθώς επίσης και κάθε αναφορά στο θέμα της Ελλάδας.
Όμως, ο Τσάρος Νικόλαος της Ρωσίας, που είχε εντωμεταξύ ανέλθει στον θρόνο από το 1825, μετά τον θάνατο του προκατόχου του Αλέξανδρου, εμφορούμενος από αδελφικά αισθήματα υπέρ των «διωκομένων ορθοδόξων Ελλήνων αδελφών», υιοθέτησε μία επιθετική υπέρ των Ελλήνων πολιτική, αναγκάζοντας τους Άγγλους και τους Γάλλους συμμάχους του να στηρίξουν, μέσω αυτής της πολιτικής, πιο ενεργά τους Έλληνες που υπέφεραν τα πάνδεινα από τις αγριότητες του στρατού του Ιμπραήμ.
Έτσι, τον Ιούλιο του 1827, υπό την ισχυρή πίεση του Τσάρου της Ρωσίας, υπεγράφη μεταξύ των τριών Δυνάμεων, η περίφημη Συνθήκη του Λονδίνου σύμφωνα με την οποία οι τρεις σύμμαχοι αποφάσισαν να εξαναγκάσουν την Οθωμανική Κυβέρνηση να παραχωρήσει αυτονομία στους Έλληνες. Σε εφαρμογή της υπόψη Συνθήκης, έστειλαν στο Αιγαίο έναν μικτό στόλο, ο οποίος περιόρισε τον στόλο του Ιμπραήμ στην Πύλο, που τότε ονομαζόταν Νεόκαστρο και ταυτόχρονα διεμήνυσαν στους Τούρκους να μην προβαίνουν πλέον σε ενέργειες κατά των Ελλήνων. Ο Ιμπραήμ αρχικά συμφώνησε με την πρόταση των συμμάχων για ανακωχή, που όμως τελικά δεν τήρησε και μετά από ένα τυχαίο μικροεπεισόδιο μεταξύ Τούρκων και Συμμάχων, ο στόλος του Ιμπραήμ συγκρούστηκε με τον συμμαχικό στόλο στις 20 Οκτωβρίου του 1827. Ήταν η περίφημη Ναυμαχία του Ναβαρίνου που είχε σαν αποτέλεσμα την ολοκληρωτική καταστροφή του Οθωμανικού στόλου. Αξίζει να σημειωθεί ότι η ναυμαχία αυτή ήταν η τελευταία μεγάλη ναυμαχία που έγινε με ιστιοφόρα πλοία και ήταν αυτή που στην ουσία διέσωσε την Επανάσταση που κόντευε να σβήσει μετά από 6 ολόκληρα χρόνια αιματηρών αγώνων.
Και ενώ συνέβαιναν αυτά στην Πελοπόννησο, στο Μεσολόγγι και στη γειτονική Ναύπακτο παρέμεναν μόνιμα εγκαταστημένοι και ανενόχλητοι οι Τούρκοι που τους είχε αφήσει εκεί ο Κιουταχής, φεύγοντας για να καταλάβει την Αθήνα.
Δυο μήνες περίπου πριν να υπογραφεί η προαναφερθείσα Συνθήκη του Λονδίνου, ο Καποδίστριας εξελέγη Κυβερνήτης του νέου Ελληνικού κράτους, από την 3η Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας. Παρόλο που οι Άγγλοι δεν συμπαθούσαν τον Καποδίστρια, εντούτοις συναίνεσαν να τοποθετηθεί ως πρώτος κυβερνήτης της Ελλάδος, υποκύπτοντας στην ισχυρή θέληση των άλλων δύο συμμάχων τους, της Ρωσίας πρωτίστως και της Γαλλίας δευτερευόντως.
Όταν ο Καποδίστριας πληροφορήθηκε ότι τον είχαν εκλέξει κυβερνήτη της Ελλάδας, βρισκόταν ήδη στην Ελβετία. Αμέσως αποδέχτηκε την τιμητική θέση που του πρότειναν και χωρίς καθυστέρηση έφυγε για τη Ρωσία προκειμένου να κλείσει εκεί τις υποχρεώσεις που είχε ως πρώην υπουργός εξωτερικών. Από εκεί πήγε στην Αγγλία, με σκοπό να ζητήσει από τους Άγγλους ένα δάνειο για λογαριασμό του νέου Ελληνικού κράτους, όμως οι Άγγλοι τον υποδέχτηκαν πολύ ψυχρά και τον ανάγκασαν να εγκαταλείψει άπρακτος το Λονδίνο. Ο Καποδίστριας απογοητευμένος και φανερά ενοχλημένος από την στάση των Άγγλων, ύστερα από μια ολιγοήμερη παραμονή στο Παρίσι, όπου έγινε θερμότατα δεκτός από τους Γάλλους, έφτασε στις 18 Ιανουαρίου του 1828 στο Ναύπλιο όπου ανέλαβε, εν μέσω πανηγυρισμών, τα καθήκοντα του Κυβερνήτη.
Οι δυσκολίες που αντιμετώπισε ο Καποδίστριας ως Κυβερνήτης του νεοσύστατου κράτους, λίγο ως πολύ, είναι γνωστές. Για παράδειγμα, η διοικητική μηχανή του κράτους ήταν ανύπαρκτη, δεν λειτουργούσε η Δικαιοσύνη, δεν υπήρχε τακτικός στρατός, δεν υπήρχε εκπαίδευση, οι οπλαρχηγοί έκαναν του κεφαλιού τους, οι πολιτικοί ήταν χωρισμένοι σε φατρίες ανάλογα με τα προσωπικά τους συμφέροντα, ο λαός λιμοκτονούσε και γενικά δεν λειτουργούσε τίποτε απολύτως. Μόνο οι τρεις ξένες Δυνάμεις που μας υποστήριζαν και το πείσμα του Καποδίστρια να δημιουργήσει ένα κράτος από το μηδέν, ήταν τα μόνα στηρίγματα που είχε ο ταλαίπωρος Ελληνικός λαός εκείνη την κρίσιμη περίοδο.
Τα πρώτα με τα οποία ασχολήθηκε ο Καποδίστριας ήταν η συγκρότηση δικαστηρίων και η οργάνωση τμημάτων τακτικού στρατού. Κάποιοι από τους στρατιωτικούς, θεωρώντας ίσως ότι το κράτος τους όφειλε μεγαλύτερη προσοχή από αυτή που τους αποδιδόταν, κατηγόρησαν τον Κυβερνήτη ότι παραμελούσε το στράτευμα. Τότε ο Καποδίστριας για να τους κατευνάσει διόρισε στις 23 Ιανουαρίου του 1829, τον αδελφό του Αυγουστίνο πληρεξούσιο στρατιωτικό τοποτηρητή του στις Επαρχίες της Στερεάς Ελλάδας, όπου εκεί υπήρχε το μεγαλύτερο πρόβλημα. Η πράξη του αυτή έγινε ευμενώς αποδεκτή από τους στρατιωτικούς, προφανώς επειδή θεώρησαν ότι έχοντας ως αρχηγό τον αδελφό του Κυβερνήτη θα τύχαιναν μεγαλύτερης προσοχής από αυτόν.
Μόλις ο Αυγουστίνος ανέλαβε τα καθήκοντά του, αποφάσισε να προβεί στην ανακατάληψη των κυριότερων παραθαλάσσιων τουρκικών οχυρών στη Στερεά Ελλάδα. Έτσι, στις 12 Μαρτίου του 1829, με το Δίκροτο «Ελλάς» του Μιαούλη και με την από ξηράς βοήθεια των στρατιωτών του Τζαβέλα, καταλαμβάνει το Αντίρριο και στη συνέχεια τη Ναύπακτο.
Μόλις οι Τούρκοι της Στερεάς Ελλάδας έμαθαν για την πτώση της Ναυπάκτου, πανικοβλήθηκαν και άρχισαν να εγκαταλείπουν όλες τις θέσεις που κατείχαν από το 1826 στη Δυτική Ελλάδα, εκτός από το Μεσολόγγι, που το θεωρούσαν ότι είχε στρατηγική για αυτούς θέση. Αυτό βέβαια δεν πτόησε τον Αυγουστίνο και τον Μιαούλη, οι οποίοι με το δίκροτο «Ελλάς» κατέπλευσαν έξω από το Μεσολόγγι και το πολιόρκησαν από θαλάσσης. Ταυτόχρονα, το ελληνικό στράτευμα, που εν τω μεταξύ είχε έλθει από το Αντίρριο και την Ναύπακτο, πολιόρκησε το Μεσολόγγι από ξηράς. Ήταν Απρίλιος του 1829, τρία ακριβώς χρόνια μετά την ηρωική έξοδο της φρουράς του Μεσολογγίου.
Ο Αυγουστίνος με τον Μιαούλη, άρχισαν άμεσα διαπραγματεύσεις με τους έγκλειστους Τούρκους και τους ζήτησαν να παραδώσουν την πόλη, με αντάλλαγμα να τους εξασφαλίσουν την αποχώρησή τους χωρίς μάχη. Οι Τούρκοι που είχαν ήδη μάθει την παράδοση του Αντιρρίου και της Ναυπάκτου, βλέποντας ότι θα ήταν άσκοπο να εμπλακούν σε μάχη με τους Έλληνες, αποδέχτηκαν την πρόταση των πολιορκητών τους και προχώρησαν στη σύναψη και την υπογραφή συνθήκης για την παράδοση της πόλης. Απέμενε μόνο η ενεργοποίηση της συνθήκης, η οποία θα γινόταν με την έναρξη της εκκένωσης του Μεσολογγίου.
Και ενώ φαινόταν ότι τα πράγματα θα πήγαιναν καλά, οι Άγγλοι, που έμαθαν τα κατορθώματα του Αυγουστίνου και του Μιαούλη, έδωσαν εντολή στον Άγγλο μοίραρχο Σπένσερ να καταπλεύσει άμεσα στο Μεσολόγγι, με την φρεγάτα «Μαδαγασκάρη» και να λύσει, ακόμα και με τη βία, την θαλάσσια πολιορκία της πόλης!
Όταν ο Σπένσερ έφτασε έξω από το Μεσολόγγι, ήταν 3 Μαΐου του 1829 και δεν πρόλαβε να εμποδίσει την υπογραφή της συνθήκης, αφού αυτή είχε ήδη λάβει χώρα μόλις μία μέρα πριν, στις 2 Μαΐου! Έτσι ο Άγγλος βρήκε την συμφωνία υπογεγραμμένη, όχι όμως και ενεργοποιημένη. Για καλή τύχη της Ελλάδας, ο Άγγλος δεν δημιούργησε θέμα και σεβάστηκε την συμφωνία Ελλήνων και Τούρκων, οπότε άρχισε αμέσως η εκκένωση της πόλης από τους καταληψίες. Ένας από τους όρους της συμφωνίας ήταν να βοηθηθούν οι Τούρκοι να φύγουν από το Μεσολόγγι με ασφάλεια, υπό την προστασία των Ελλήνων πολιορκητών τους.
Όταν το Μεσολόγγι ανακτήθηκε από τους Έλληνες, ο Καποδίστριας πανηγύρισε το γεγονός τελώντας λαϊκό εορτασμό στην Αίγινα. Ακολούθως, με προσωπική του εντολή, συγκεντρώθηκαν τα λείψανα των μαχητών που έπεσαν κατά την ηρωική έξοδο για να φυλαχτούν σε ένα μνημείο. Η διακήρυξη του Κυβερνήτη, μεταξύ των άλλων, ανέφερε:
«………. έχομεν χρέος να συλλέξωμεν μετ’ ευλαβείας τα σεβάσμια αυτών λείψανα και να τα καταθέσωμεν εις τι μνημείον, όπου η πατρίς ν’ αποδίδη κατ’ έτος τον φόρον ευγνωμοσύνης της εις την κόνιν των ανδρών εκείνων, οι οποίοι εμαρτύρησαν ηρωικώς υπέρ του ιερού αγώνος αυτής…….».
Στις 2 Μαΐου του 1829, το Μεσολόγγι έγραψε, στη νέα Ελληνική ιστορία, ακόμα μια σπουδαία σελίδα.