Γεννήθηκε στην Κέρκυρα στις 11 Φεβρουαρίου 1776 την περίοδο της Ενετοκρατίας. Ο πατέρας του Αντώνιος – Μαρία καταγόταν από οικογένεια ευγενών, καθώς ένας από τους πρόγονούς του είχε λάβει τον τίτλο του Κόμη από τον Δούκα της Σαβοΐας Κάρολο Εμμανουήλ τον Β’. Ο τίτλος εισήχθη στη «Χρυσή Βίβλο» (Libro d’ Oro) των ευγενών της Κέρκυρας το 1679 και έλκει την καταγωγή του από το ακρωτήριο Ίστρια της Αδριατικής, το σημερινό Κόπερ της Σλοβενίας. Η οικογένεια της μητέρας του Διαμαντίνας (Αδαμαντίας) Γονέμη, ήταν επίσης εγγεγραμμένη στη «Χρυσή Βίβλο» από το 1606.
Ο νεαρός Ιωάννης σπούδασε ιατρική, φιλοσοφία και νομικά στο Πανεπιστήμιο της Παταβίας (Πάντοβα) της Ιταλίας. Το 1797 εγκαταστάθηκε στη γενέτειρά του Κέρκυρα και άσκησε το επάγγελμα του ιατρού – χειρούργου. Δύο χρόνια αργότερα, όταν η Ρωσία και η Τουρκία κατέλαβαν για λίγο τα Επτάνησα, του ανατέθηκε η διοίκηση του στρατιωτικού νοσοκομείου.
Το 1801 τα Επτάνησα αυτονομούνται και ο Ιωάννης Καποδίστριας γίνεται ένας από τους δύο διοικητές της Ιονίου Πολιτείας, σε ηλικία 25 ετών. Χάρη στην πολιτική του οξυδέρκεια και πειθώ απέτρεψε την εξέγερση της Κεφαλλονιάς, που θα είχε απρόβλεπτες συνέπειες στη συνοχή του νεότευκτης πολιτείας. Έδειξε ευαισθησία και προσοχή στις ανησυχίες των Επτανησίων και πήρε πρωτοβουλίες για τη αναθεώρηση επί το δημοκρατικότερο του επτανησιακού συντάγματος, που είχαν επιβάλει Ρώσοι και Τούρκοι υπό τον τίτλο «Βυζαντινό Σύνταγμα».
Αποτέλεσμα των προσπαθειών του Καποδίστρια ήταν η ψήφιση ενός πιο φιλελεύθερου και δημοκρατικού συντάγματος το 1803. Οι μεγάλες δυνάμεις θορυβήθηκαν κι έστειλαν τον Γεώργιο Μοτσενίγο, προκειμένου να τον επιπλήξει. Όταν, όμως, ο εκπρόσωπός τους συναντήθηκε μαζί του, εντυπωσιάστηκε από την πολιτική και ηθική συγκρότηση του ανδρός. Ο Καποδίστριας διορίστηκε ομόφωνα από τη Γερουσία της Ιονίου Πολιτείας, Γραμματέας της Επικρατείας. Κατά τη διάρκεια της θητείας του αναδιοργάνωσε τη δημόσια διοίκηση, δίνοντας ιδιαίτερη έμφαση στην εκπαίδευση.
Τον Μάρτιο του 1807 εστάλη στη Λευκάδα, την οποία απειλούσε με κατάληψη ο Αλή Πασάς. Αναδιοργάνωσε την άμυνα του νησιού, αποτρέποντας την απειλή. Εκεί γνωρίστηκε με τους οπλαρχηγούς Κολοκοτρώνη, Νικηταρά, Ανδρούτσο και Μπότσαρη, που αργότερα θα πρωτοστατούσαν στην Επανάσταση του ’21.
Τον Ιανουάριο 1809 ο Καποδίστριας εισήλθε στη διπλωματική υπηρεσία της Ρωσίας, κατόπιν προσκλήσεως του Τσάρου Αλέξανδρου Α’. Το 1813, διορίστηκε εκπρόσωπος της Ρωσίας στην Ελβετία, στην πρώτη του μεγάλη αποστολή, με σκοπό να συνεισφέρει στην απαλλαγή της από την επιρροή του Ναπολέοντα. Έπαιξε σημαντικό ρόλο στην ενότητα, ανεξαρτησία και την ουδετερότητα της Ελβετίας και συνεισέφερε τα μέγιστα στο ελβετικό σύνταγμα, που προέβλεπε 19 αυτόνομα κρατίδια (καντόνια) ως συστατικά μέλη της ελβετικής ομοσπονδίας.
Συμμετείχε στο Συνέδριο της Βιέννης, που έθεσε τις βάσεις της «Ιεράς Συμμαχίας», ως μέλος της ρωσικής αντιπροσωπίας, αποτελώντας το φιλελεύθερο αντίβαρο στην αντιδραστική πολιτική του αυστριακού πρίγκιπα Μέτερνιχ. Πέτυχε την εξουδετέρωση της αυστριακής επιρροής, την ακεραιότητα της Γαλλίας υπό Βουρβόνο μονάρχη, μετά την πτώση του Ναπολέοντα, καθώς και τη διεθνή ουδετερότητα της Ελβετίας, υπό την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων.
Μετά τις μεγάλες του διπλωματικές επιτυχίες, ο Τσάρος τον έχρισε Υπουργό Εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας από το 1816 έως το 1822. Ο Καποδίστριας, όμως, δεν ξέχασε τη γενέτειρά του και τα Επτάνησα, που είχαν περάσει κάτω από τον ασφυκτικό έλεγχο της Μεγάλης Βρετανίας. Το 1819 μετέβη στο Λονδίνο και προσπάθησε ματαίως να πείσει τη βρετανική κυβέρνηση να μετριάσει το αυταρχικό καθεστώς που είχε επιβάλει στα Ιόνια Νησιά.
Με την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης, υποχρεώθηκε να εγκαταλείψει το αξίωμά του, καθώς είχε διαφωνήσει ανοιχτά με τον τσάρο Αλέξανδρο, που καταδίκαζε κάθε επαναστατική κίνηση στην Ευρώπη, πιστός στις αποφάσεις της Ιεράς Συμμαχίας. Το 1822 εγκαταστάθηκε στη Γενεύη της Ελβετίας, όπου έχαιρε υπόληψης για την προσφορά του στη δημιουργία της Ελβετικής Ομοσπονδίας, λαμβάνοντας τον τίτλο του επίτιμου πολίτη. Παρέμεινε εκεί έως το 1827, βοηθώντας ποικιλοτρόπως το επαναστατημένο έθνος.
Στις 30 Μαρτίου 1827 η Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας τον εξέλεξε Κυβερνήτη του νεοσύστατου Ελληνικού Κράτους, σε μία περίοδο που η Επανάσταση καρκινοβατούσε. Έπειτα από επίπονες διαβουλεύσεις στις ευρωπαϊκές πρωτεύουσες για την εξασφάλιση της απαραίτητης υποστήριξης για το ελληνικό κράτος, έφτασε στο Ναύπλιο στις 7 Ιανουαρίου 1828, γενόμενος δεκτός με ζητωκραυγές και ενθουσιώδεις εκδηλώσεις από τον λαό. Δύο ημέρες αργότερα μετέβη στην Αίγινα, η οποία είχε κριθεί καταλληλοτέρα από το Ναύπλιο ως προσωρινή έδρα της Κυβέρνησης.
Η πρώτη επαφή του με την ηπειρωτική Ελλάδα υπήρξε αποκαρδιωτική, λόγω της κατάστασης που επικρατούσε στο πολιτικό σκηνικό. Οι αντιπαλότητες που είχαν προκύψει μεταξύ των φατριών κατά τη διάρκεια της επανάστασης δεν είχαν κοπάσει, ενώ η χώρα είχε καταστραφεί και η οικονομία της τελούσε υπό πτώχευση.
Ο Καποδίστριας εκλήθη να κυβερνήσει με βάση το Δημοκρατικό Σύνταγμα της Τροιζήνας, αλλά ως οπαδός της πεφωτισμένης δεσποτείας πίστευε ότι τα Συντάγματα και τα Κοινοβουλευτικά Σώματα ήσαν πρόωρα για το ασύστατο ακόμα κράτος. Πρέσβευε εις την αρχή του ενός ανδρός, έστω και υπό προθεσμία. Στις 18 Ιανουαρίου 1828 πέτυχε ψήφισμα της Βουλής περί αναστολής του Συντάγματος. Έτσι, κατέστη η μοναδική πηγή εξουσίας, συνεπικουρούμενος από το Πανελλήνιον, ένα συμβουλευτικό σώμα αποτελούμενο από 27 μέλη. Στη σύγκληση μιας νέας Εθνοσυνέλευσης στο άμεσο μέλλον παραπεμπόταν η ψήφιση του νέου Συντάγματος. Ο Καποδίστριας εγκαινίασε την περίοδο της απολυταρχίας, η οποία διατηρήθηκε μέχρι το Σύνταγμα του 1843.
Ο νέος Κυβερνήτης έθεσε ως στόχο να βάλει τέλος στις εμφύλιες διαμάχες και επιδόθηκε αμέσως στο έργο της δημιουργίας Κράτους εκ του μηδενός, επιδεικνύοντας αξιοζήλευτη δραστηριότητα. Ίδρυσε την Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα με τη βοήθεια του φίλου του ελβετού τραπεζίτη Εϋνάρδου, η οποία δεν ευδοκίμησε για πολύ. Ρύθμισε το νομισματικό σύστημα, καθότι ακόμη κυκλοφορούσαν τουρκικά και ξένα νομίσματα εντός της επικράτειας. Στις 28 Ιουλίου 1828 καθιέρωσε ως εθνική νομισματική μονάδα τον Φοίνικα και ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο. Στις 24 Σεπτεμβρίου του ίδιου χρόνου οργάνωσε και την πρώτη ταχυδρομική υπηρεσία.
Ερχόμενος στο Ναύπλιο, ο Καποδίστριας βρήκε την Ελλάδα χωρίς δικαστική οργάνωση. Γνωρίζοντας ότι η απονομή της δικαιοσύνης αποτελεί θεμέλιο για τη δημιουργία μιας ευνομούμενης πολιτείας, ενδιαφέρθηκε προσωπικά για τη δημιουργία δικαστηρίων και τη στελέχωσή τους με το κατάλληλο προσωπικό. Οργάνωσε, ακόμη, τη διοίκηση του κράτους και ίδρυσε Στατιστική Υπηρεσία, η οποία διενήργησε την πρώτη απογραφή.
Αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις υπό ενιαία διοίκηση, πετυχαίνοντας αφενός να καταπολεμήσει το κατεστημένο των οπλαρχηγών και αφετέρου να παρεμποδίσει την Οθωμανική προέλαση, όπως έδειξε η Μάχη της Πέτρας, όπου ο ελληνικός στρατός εμφανίσθηκε πειθαρχημένος και συγκροτημένος στην τελευταία μάχη του Αγώνα. Ο Καποδίστριας αντιμετώπισε επιτυχώς την πειρατεία, αναθέτοντας στον ναύαρχο Μιαούλη την καταστολή της. Εφάρμοσε την πρακτική της απομόνωσης (καραντίνας) των κοινοτήτων που πλήττονταν από τις επιδημίες του τύφου, της ελονοσίας και άλλων μολυσματικών ασθενειών. Προσπάθησε να ανοικοδομήσει το κατεστραμμένο εκπαιδευτικό σύστημα της Ελλάδας, ιδρύοντας πολλά αλληλοδιδακτικά σχολεία, καθώς και το Ορφανοτροφείο της Αίγινας.
Ο Καποδίστριας ενδιαφέρθηκε αποφασιστικά για τη γεωργία, που αποτελούσε τον ακρογωνιαίο λίθο της ελληνικής οικονομίας. Εισήγαγε πρώτος την καλλιέργεια της πατάτας, με ένα τρόπο που έδειχνε τη βαθειά του γνώση για τον ψυχισμό του Έλληνα εκείνης της εποχής. Διέταξε, λοιπόν, να αποθέσουν ένα φορτίο με πατάτες στο λιμάνι του Ναυπλίου και προέτρεψε τον καθένα να πάρει όσες θέλει. Συνάντησε, όμως, την παγερή αδιαφορία των πρωτευουσιάνων. Στη συνέχεια τοποθέτησε φρουρούς στο φορτίο και αμέσως σχεδόν στο Ναύπλιο κυκλοφόρησαν ψίθυροι ότι για να φυλάσσεται το φορτίο κάτι το πολύτιμο θα περιέχει. Οι άνθρωποι μαζεύτηκαν στο λιμάνι και λοξοκοίταζαν τις πατάτες. Άρχισαν σιγά-σιγά να τις κλέβουν κάτω από τη μύτη των φρουρών και στο τέλος έκαναν όλες φτερά. Δεν γνώριζαν, όμως, ότι ο Καποδίστριας είχε διατάξει τους φρουρούς να κάνουν τα στραβά μάτια. Με αυτή την ευφυή κίνηση, η πατάτα έγινε τότε μέρος της καθημερινής διατροφής του Έλληνα.
Οι πολιτικές κινήσεις του Καποδίστρια προκάλεσαν τη δυσαρέσκεια, τόσο των οπαδών του συνταγματικού πολιτεύματος, όσο και των προκρίτων και των ναυτικών. Η αίγλη που τον περιέβαλε άρχισε να διαλύεται. Η αδυναμία ικανοποιήσεως όλων των αιτημάτων, σε συνδυασμό με την καθυστέρηση διεξαγωγής των εκλογών, έδωσαν την αφορμή για το σχηματισμό ισχυρής αντιπολίτευσης κατά του Κυβερνήτη. Ο Καποδίστριας κατηγορήθηκε ακόμη ότι αγνόησε τη μακρά κοινοτική παράδοση της χώρας και θέλησε να μεταφυτεύσει από την αλλοδαπή θεσμούς, μη προσιδιάζοντες στην τότε πραγματικότητα.
Η πρώτη δυναμική αντιπολιτευτική ενέργεια ήλθε με τα στασιαστικά κινήματα της Ύδρας το 1829, που επιδίωκαν την ανατροπή του Καποδίστρια. Ζήτησαν από τον Μιαούλη να καταλάβει τον ναύσταθμο του Πόρου, πριν προλάβει ο διοικητής του Κανάρης να έλθει εναντίον της Ύδρας. Ο Καποδίστριας παρακάλεσε τον ναύαρχο Ρίκορντ να επιτεθεί κατά των στασιαστών. Πράγματι, ο ρώσος ναύαρχος απέκλεισε το ναύσταθμο και προ του κινδύνου να συλληφθεί ο Μιαούλης ανατίναξε τη φρεγάτα Ελλάς και την κορβέτα Ύδρα (τα δύο πιο αξιόπλοα πλοία του ελληνικού στόλου) και διέφυγε στην Ύδρα. Η αντίδραση κατά του Κυβερνήτη διογκωνόταν. Οι Μανιάτες αρνούνταν να πληρώσουν τους φόρους προς την κεντρική εξουσία και στασίασαν με τη σειρά τους.
Μοιραία στάθηκε η αντιπαλότητα του Καποδίστρια με τους Μαυρομιχάληδες, την ισχυρότερη οικογένεια της Μάνης. Ο Καποδίστριας συν το χρόνω γινόταν όλο και πιο ευερέθιστος και δύσπιστος έναντι όλων. Δεν είχε την απαραίτητη αυτοσυγκράτηση και ψυχραιμία, με συνέπεια την αδικαιολόγητη όξυνση των προσωπικών παθών. Σε αυτή την κατάσταση θα πρέπει να αποδοθεί και ο σκληρός τρόπος συμπεριφοράς του κατά του γηραιού Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη. Ο Καποδίστριας διέταξε τη σύλληψή του και τον εγκλεισμό του στη φυλακή. Τον αδελφό του Κωνσταντίνο και τον υιό του Γεώργιο τους κρατούσε στο Ναύπλιο, όπου είχε μεταφερθεί η πρωτεύουσα του νεοελληνικού κράτους. Το γεγονός αυτό εξέθρεψε το μίσος και την ανάγκη εκδίκηση από την πλευρά των Μαυρομιχαλαίων.
Στις 5:35 το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 ο Ιωάννης Καποδίστριας δέχθηκε δολοφονική επίθεση από τον Κωνσταντίνο και τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα, όπου μετέβαινε για να εκκλησιασθεί και έπεσε νεκρός. Ο μόνος που τον συνόδευε ήταν ο μονόχειρας σωματοφύλακάς του, ονόματι Κοκκώνης.
Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης εφονεύθη επί τόπου από τους προστρέξαντες, οι οποίοι κυριολεκτικώς τον λυντσάρισαν. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης ζήτησε προστασία στη Γαλλική Πρεσβεία. Κατόπιν επιμόνου απαιτήσεως του συγκεντρωμένου πλήθους, που απείλησε ότι θα κάψει την πρεσβεία, ο αντιπρεσβευτής βαρόνος Ρουάν τον παρέδωσε στις αρχές. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης καταδικάσθηκε σε θάνατο από στρατοδικείο και εθανατώθη δια τυφεκισμού το πρωί της 10ης Οκτωβρίου 1831.
Στη θέση του δολοφονημένου Ιωάννη Καποδίστρια διορίστηκε για μικρό διάστημα ο αδερφός του Αυγουστίνος. Η χώρα είχε βυθιστεί στο χάος και την αναρχία και οι Προστάτιδες Δυνάμεις βρήκαν την ευκαιρία να εγκαθιδρύσουν βασιλεία, φοβούμενες την επικράτηση ενός φιλελεύθερου κινήματος.
Η ελληνική πολιτεία τίμησε τον Κυβερνήτη, δίνοντας το όνομά του σε δημόσιους χώρους και ιδρύματα, όπως στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, ο επίσημος τίτλος του οποίου είναι Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Ακόμη, ο Ιωάννης Καποδίστριας απεικονίζεται στο κέρμα των 20 λεπτών της ελληνικής έκδοσης του ευρώ, ενώ το σχέδιο διοικητικής αναδιοργάνωσης της χώρας που εισηγήθηκε η κυβέρνηση Σημίτη έλαβε το όνομά του («Πρόγραμμα Ι. Καποδίστριας»).