Τα Σφακιά της Κρήτης ήταν η πατρίδα του Αγίου Ιωάννη και εργαζόταν σαν γεωργός στη Νέα Έφεσο.
Ο Άγιος καταγόταν από την Κρήτη αλλά ζούσε στην περιοχή της Νέας Εφέσου, Κουσάντασι, όπως την ονόμαζαν οι Τούρκοι. Ήταν γεωργός στο επάγγελμα και ήταν αρραβωνιασμένος. Νέος στην ηλικία , κόσμιος, συνετός, σώφρων, στολισμένος με πολλές αρετές.
Κάποτε με δύο φίλους και συμπατριώτες του Σφακιανούς πήγαν έξω από την πόλη να διασκεδάσουν στο πανηγύρι που γινόταν, κατά παλαιά συνήθεια, την ημέρα της αποτομής της τιμίας κεφαλής του Αγίου Ιωάννου Προδρόμου.
Εκεί που έτρωγαν και έπιναν πέρασαν άνθρωποι του αγά και τους ζήτησαν να πληρώσουν κεφαλικό φόρο. Οι δυο Σφακιανοί δεν δέχονταν με κανένα τρόπο να πληρώσουν ούτε λίγο ούτε πολύ. Οι άνθρωποι του αγά ενεργώντας με το κύρος της εξουσίας τους άπλωσαν και πήραν ένα όπλο απ’ τους Σφακιανούς, εκείνοι αντέδρασαν και, τραβώντας το με βία, το απέσπασαν από τα χέρια των Τούρκων, με αποτέλεσμα να πιαστούν στα χέρια ,να σκοτώσουν έναν από τους Τούρκους υπαλλήλους και να τραυματίσουν τους άλλους. Αμέσως μετά έτρεξαν να εξαφανιστούν, για να μη συλληφθούν.
Ο Ιωάννης θεωρώντας τον εαυτό του αθώο πήγε με την ησυχία του στο αγροτόσπιτό του.Την άλλη μέρα όμως κατέφθασαν οι Τούρκοι , τον άρπαξαν και δέρνοντάς τον και πληγώνοντάς τον σ’ όλη τη διαδρομή τον έφεραν στην πόλη και τον έκλεισαν στη φυλακή.
Την άλλη μέρα πήγαν οι Τούρκοι, τον άρπαξαν και δέρνοντάς τον και πληγώνοντάς τον σ’ όλη τη διαδρομή τον έφεραν στην πόλη και τον έκλεισαν στη φυλακή, άσχετα αν ήταν ο ένοχος αφού κι αυτός ήταν στην παρέα. Έδωσαν δε αυστηρή εντολή να μην επιτραπεί σε κανένα να τον επισκεφτεί ούτε να τον πλησιάσει ούτε να του δώσει τροφή ή νερό, εκτός αν οι υπηρέτες της φυλακής ήθελαν να του ρίξουν κανένα ψίχουλο σαν να ήταν σκύλος. Έμεινε έτσι ο άγιος στη φυλακή δεκαέξι ημέρες. Και ο λόγος που δεν τον κρέμασαν αμέσως ήταν ότι ο αδελφός του σκοτωμένου , ο οποίος ζητούσε πίσω το αίμα του αδελφού του, καυχήθηκε πως μπορεί να τον πείσει να αλλαξοπιστήσει , οπότε και θα τον συγχωρούσε και θα τον έβαζε στη θέση του αδελφού του. Από την άλλη μεριά ο δικαστής δεν το έβρισκε εύλογο να κρεμαστεί ο Ιωάννης αφού δεν ήταν αυτός ο φονιάς αλλά άλλος ξένος που διέφυγε. Οι Τούρκοι όμως πρόκριτοι επέμεναν ότι πρέπει να κρεμαστεί διότι ήταν στην παρέα του φονιά.
Τελικά συμφώνησαν με την πρόταση του αδελφού του σκοτωμένου. Προσπάθησαν με ποικίλους τρόπους, με θέλγητρα και με φόβητρα να τον εξισλαμίσουν όμως ο άγιος έμενε σταθερός στην πίστη του Χριστού, λέγοντας Χριστιανός γεννήθηκα και Χριστιανός θέλω να πεθάνω. Ιωάννης ονομάζομαι και δεν αλλάζω την πίστη μου ούτε τ’ όνομά μου.
Ακόμα και η κόρη του δικαστή βρήκε τρόπο να τον πλησιάσει και να του προτείνει ν’ αλλαξοπιστήσει και να την παντρευτεί καθώς ο άγιος ήταν νέος και όμορφος.
Αφού είδαν κι απόειδαν ότι δεν κατάφερναν τίποτε, τον καταδίκασαν στον δι’ απαγχονισμού θάνατο. Ο άγιος πήγαινε στον τόπο της εκτέλεσης χαρούμενος λες και πήγαινε σε καμιά γιορτή. Σ’ όλη τη διαδρομή επεκαλείτο την Υπεραγία Θεοτόκο και ζητούσε συγχώρεση απ’ όσους Χριστιανούς συναντούσε. Τελικά τον απαγχόνισαν έξω από την πόλη. Τελειωθείς εν ολίγω επλήρωσε χρόνους μακρούς κατά το αγιογραφικό χωρίο.
Τρία μερόνυχτα έμεινε κρεμασμένος. Την πρώτη νύχτα κάποιοι καμηλιέρηδες, που έφερναν σιτάρι στην πόλη και που αναγκάστηκαν να διανυκτερεύσουν έξω γιατί δεν πρόλαβαν και έκλεισε η πύλη των τειχών, έβλεπαν λαμπρό φως που ερχόταν από τον ουρανό να σκεπάζει το άγιο λείψανο όλη τη νύχτα και έντρομοι το διηγούνταν την άλλη μέρα στον κριτή, ο οποίος ομολογούσε την αθωότητα του αγίου χωρίς βέβαια να δέχεται την αγιότητα της πίστης του. Υπήρξαν βέβαια και εκείνοι που τυφλωμένοι έλεγαν ότι έριξε ο Θεός φωτιά να κάψει τον γκιαούρη που σκότωσε τον εμίρη.
Μετά τις τρεις ημέρες δόθηκε η άδεια της ταφής. Τον έθαψαν με ευλάβεια οι Χριστιανοί στον αυλόγυρο της εκκλησίας του Αγίου Γεωργίου.
Μια Χριστιανή που έπασχε από μακροχρόνια ασθένεια ζήτησε να της φέρουν μέρος από το ένδυμα του αγίου και το σκοινί με το οποίο ήταν δεμένος και έλαβε τέλεια θεραπεία, τρεις μέρες μετά τον θάνατο του μάρτυρος.
«Σταύρου ένδεδυμένος την πανοπλίαν, του εχθρού κατέβαλες την δυναστείαν, και στερρώ φρονήματι ύπέμεινας, τον δι’ αγχόνης θάνατον διό Χριστός σε άξίως έδόξασεν, Ιωάννη». «Ένδοξε Νεομάρτυς Ιωάννη, αδιαλείπτως ικέτευε υπέρ των ψυχών ημών». Αμήν.