Γεννήθηκε στην Πολιανή Μεσσηνίας το 1788 και ήταν υστερότοκος γιος, από δεύτερο γάμο, του Δημητρίου Δικαίου, ο οποίος είχε συνολικά 28 παιδιά. Το κοσμικό όνομά του ήταν Γεώργιος Δικαίος του Δημητρίου. Φοίτησε στη Σχολή Δημητσάνας, την οποία δεν την τελείωσε, και μόνασε το 1816 στο μοναστήρι της Παναγιάς της Βελανιδιάς στην Καλαμάτα, όπου πήρε το όνομα Γρηγόριος (παπάς Φλέσσας, εξ ού και το Παπαφλέσσας). Εξαιτίας του επαναστατικού χαρακτήρα του, ήλθε σε σύγκρουση με τον επίσκοπο Μονεμβασιάς, έφυγε από τη μονή του και πήγε σε άλλο μοναστήρι, της Ρεκίτσας. Η νέα σύγκρουσή του με Τούρκο αξιωματούχο για τα περιουσιακά της μονής τον παρώθησε να αφήσει την Πελοπόννησο και να περάσει στη Ζάκυνθο, όπου γνώρισε τον Κολοκοτρώνη και αργότερα πήγε στην Κωνσταντινούπολη. Εκεί χειροτονήθηκε αρχιμανδρίτης από τον πατριάρχη Γρηγόριο Ε.
Στην Κωνσταντινούπολη γνωρίστηκε με τον Αναγνωστόπουλο, ο οποίος τον μύησε στη Φιλική Εταιρεία στις 21 Ιουνίου 1818. Στα έγγραφα της Εταιρείας υπέγραφε με το όνομα Αρμόδιος και ως διακριτικά έβαζε τα αρχικά Α.Μ. Τον Μάιο του 1820 συντάσσει μαζί με τον Γεώργιο Λεβέντη στο Βουκουρέστι το Σχέδιον Γενικόν. Στο Ισμαήλιο της Βεσσαραβίας συγκαλείται σύσκεψη των στελεχών της Φιλικής Εταιρείας από τον Υψηλάντη. Συμμετείχε και ο Δικαίος, ο οποίος τόσο πριν τη σύγκληση της σύσκεψης με επιστολές που έστειλε προς τον Υψηλάντη από την Κωνσταντινούπολη, όσο και στις εργασίες της σύσκεψης, υποστήριξε την άποψη για επίσπευση της έναρξης της Επανάστασης, παρουσιάζοντας πλαστά έγγραφα που εμφάνιζαν την Πελοπόννησο πανέτοιμη για επανάσταση.
Τελικά, η σύσκεψη του Ισμαηλίου αποφάσισε -αναφορικά με τον Παπαφλέσσα- την αποστολή του στην Πελοπόννησο ως εκπρόσωπο του Αρχηγού.
Ο Παπαφλέσσας τέλη Νοεμβρίου του 1820 αγοράζει καράβι από την Κωνσταντινούπολη στο όνομα του Φιλικού Παλαιολόγου Λεμονή και αφού λαμβάνει το ποσό των 90.000 γροσίων από την τοπική Εφορία της Εταιρείας, αναχωρεί για την Πελοπόννησο. Όταν έφτασε στην Πελοπόννησο, κατείχε ήδη το πνεύμα του αγωνιστή. Με δεκάδες έγγραφα της Φιλικής Εταιρείας στα χέρια του ξεκίνησε μια σειρά ομιλίες ευαγγελιζόμενος την απελευθέρωση των Ελλήνων από τον ζυγό των Τούρκων. Ο ηγετικός του χαρακτήρας και οι πρωτοβουλίες του αυτές ανησύχησαν πολλούς προύχοντες, οι οποίοι δεν ήθελαν να διαταραχθεί η τάξη και οι Τούρκοι να προβούν σε αντίποινα. Πολλοί ήταν εκείνοι οι οποίοι σκέφθηκαν να τον συλλάβουν και να τον παραδώσουν στα χέρια του εχθρού. Ο Παπαφλέσσας όμως διαισθάνθηκε τον κίνδυνο και φρόντισε να περιορίσει τη δράση του στους απλούς χωρικούς, οι οποίοι τον προστάτευαν, γοητευμένοι από τον χαρισματικό ηγέτη τους.
Τον Ιανουάριο του 1821 ο Παπαφλέσσας συμμετείχε στις εργασίες της Συνέλευσης της Βοστίτσας, όπου και παρουσίασε τις εντολές του Αλέξανδρου Υψηλάντη σχετικά με την έναρξη της Επανάστασης στο Μοριά. Αντιμετωπίστηκε με επιφύλαξη, δισταγμό και ανοιχτή εχθρότητα: κυρίως συγκρούστηκαν μαζί του οι Παλαιών Πατρών Γερμανός και ο Ανδρέας Ζαΐμης. Προτάθηκε η απόσυρσή του στο μοναστήρι της Σιδηρόπορτας προκειμένου να μην θέσει σε κίνδυνο την Επανάσταση. Ο Δικαίος απείλησε όμως τους προκρίτους πως θα ξεκινούσε μόνος του την επανάσταση μισθώνοντας 1000 Πελοποννήσιους χωρικούς και άλλους τόσους Μανιάτες, λέγοντας «κι όποιον πιάσουν χωρίς όπλα οι Τούρκοι ας τον θανατώσουν».
Στη συνέχεια κινήθηκε στην Γορτυνία και σε άλλες περιοχές της Πελοποννήσου προκειμένου να έλθει σε επαφή με σημαίνοντα πρόσωπα (προύχοντες και οπλαρχηγούς). Δεν ησύχασε μέχρι την έκρηξη της επανάστασης, που τον βρίσκει στην Καλαμάτα. Η πόλη αυτή ελευθερώθηκε στις 23 Μαρτίου. Από τον Μάρτιο του 1821 ως και την μάχη στο Μανιάκι το 1825, όπου σκοτώθηκε, πρωταγωνίστησε σε όλες τις πολεμικές επιχειρήσεις αλλά και σε πολιτικές δραστηριότητες. Στις περιοδείες του στην Αρκαδία, στην Γορτυνία, στην Ολυμπία, στην Αργολίδα και στην Κορινθία κινήθηκε με σκοπό να στρατολογήσει τους εκεί πληθυσμούς. Στην Αργολίδα, κατά την προσπάθειά του να εμποδίσει την προέλαση του Κεχαγιά Μπέη, εγκαταλείφθηκε από τους άοπλους και άπειρους χωρικούς που τον συνόδευαν και αναγκάστηκε να υποχωρήσει στο κάστρο του Άργους, όπου και αντιμετώπισε τους Τούρκους. Στον επόμενο του προορισμό, στην Καρύταινα, ο τουρκικός στρατός ερχόμενος από την Τρίπολη ανάγκασε τον ίδιο και τον Κολοκοτρώνη να καταφύγουν στην Μεσσηνία, ενώ τον Ιούλιο του 1821 στα Μεγάλα Δερβένια της Μεγαρίδας μαζί με άλλους οπλαρχηγούς κατόρθωσε να παρεμποδίσει την είσοδο του τουρκικού στρατού του Ομέρ Βρυώνη στην Πελοπόννησο.
Στην Τρίπολη, σύμφωνα µε την παράδοση, στο τέλος της μάχης (23 Σεπτεμβρίου 1821) υπήρξε η ανάγκη μιας σημαίας που θα υψωνόταν για την απελευθέρωση της πόλης. Τότε ο Γρηγόριος ∆ίκαιος Παπαφλέσσας έσχισε το βαθύ γαλάζιο εσώρασό του (το επονομαζόμενο αντερί), σχημάτισε ένα τετράγωνο και διέταξε το πρωτοπαλίκαρό του και γνωστό αγωνιστή, Παναγιώτη Κεφαλά, να σχίσει δύο λουρίδες από την άσπρη φουστανέλα του, έτσι ώστε να σχηματίζουν σταυρό. Η σηµαία αυτή, η οποία από πολλούς θεωρείται ότι αποτέλεσε τη βάση της πρώτης επίσημης σημαίας του ελληνικού κράτους, υψώθηκε σ’ ένα ξέφρενο πανηγυρισμό στο τουρκικό διοικητήριο της ελεύθερης πλέον πόλης.
Τον Δεκέμβριο του 1821 έγινε μέλος της Πελοποννησιακής Γερουσίας. Έλαβε μέρος στην Α’ Γενική Συνέλευση της Επιδαύρου, στην Β’ Εθνική Συνέλευση του Άστρους το 1823 και την 1η Ιουλίου 1823 ανέλαβε το υπουργείο Εσωτερικών, θέση στην οποία θα παραμείνει μέχρι τον θάνατό του.
Στον εμφύλιο πόλεμο (1824) βρέθηκε αντίπαλος του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, παρ’ ότι στο παρελθόν είχε ταχθεί με την παράταξή του και είχε πολεμήσει μαζί του. Στο πλευρό της κυβέρνησης Γ. Κουντουριώτη κυνήγησε τους Κολοκοτρωναίους, ενώ οι ένοπλες συγκρούσεις μαζί τους, καθώς και με άλλους αγωνιστές της Επανάστασης, αποτελούν γκρίζες σελίδες στην ιστορία του έθνους κατά την κρίσιμη αυτή περίοδο.Παρ’ όλα αυτά,όταν το 1825 ο Ιμπραήμ πασάς εισέβαλε στην Πελοπόννησο, πρώτος ο Παπαφλέσσας ζήτησε να ελευθερωθούν οι φυλακισμένοι πολεμιστές, αλλά δεν εισακούστηκε. Έτσι αναγκάστηκε να εκστρατεύσει ο ίδιος: αφού διορίστηκε από το Εκτελεστικό Σώμα στις 27 Απριλίου 1825, περιέρχεται από την επόμενη μέρα την κεντρική και νοτιοδυτική Πελοπόννησο με σκοπό τη στρατολόγηση ανδρών. Ο Παπαφλέσσας με συνεχείς του εκκλήσεις ζητά την απελευθέρωση του Κολοκοτρώνη και των άλλων αγωνιστών που κρατούνταν στην Ύδρα. Είχε καταφέρει να συγκεντρώσει περίπου 2.000 πολεμιστές. Στις 19 Μαΐου όταν φάνηκαν τα αιγυπτιακά στρατεύματα, περισσότεροι από 1.000 άνδρες του Παπαφλέσσα διασκορπίστηκαν και έμεινε με μόνο 600 (ή κατά άλλους 500) πολεμιστές.
Στη Μάχη στο Μανιάκι στις 20 Μαΐου, βρήκε τον θάνατο σε ηλικία 37 ετών προβάλλοντας ηρωική αντίσταση μαζί με τους λίγους άνδρες που του είχαν μείνει.
Ο Παπαφλέσσας προσέφερε τις μεγαλύτερες υπηρεσίες στην ιερή υπόθεση πριν το ξέσπασμα της επαναστάσεως σαν μπουρλοτιέρης των ψυχών. Χωρίς αυτόν -λένε μερικοί- ίσως να μην άναβε η επαναστατική φλόγα.
Ξετρέλαινε τους ενθουσιασμένους, έπειθε τους διστακτικούς, πολεμούσε τους αντίθετους. Ήταν έξυπνος, ενθουσιώδης, τολμηρός. Αυτές οι αρετές καθώς και το σχήμα του τον έκαναν ανεπανάληπτο για την προεπαναστατική του δράση.
«Καπεταναίοι και Δεσποτάδες, τα σέβη μου…
Ήρθε επί τέλους η μεγάλη ώρα της λευτεριάς… κι είμαι χαρούμενος γι αυτό.
Πρέπει το λοιπόν να ξεσηκωθούμε το συντομώτερο.
Τώρα είναι η ευκαιρία…
Σταλμένη από το Θεό…
Είμαστε έτοιμοι πλέον…
Τα Ορθόδοξα Βαλκάνια ξεσηκώθηκαν…
Ο Νεόφυτος στη Βουλγαρία…
Ο Σάββας στην Πολωνία…
Ο Ηλίας στη Γεωργία…
Στη Ρωσία επίσης…
Κι εδώ στην Ελλάδα, ολούθε άναψαν οι φωτιές της Επανάστασης…
Η Καστοριά επαναστάτησε…
Η Κέρκυρα σήκωσε μπαϊράκι…
Η μεγάλη θεσσαλική πρωτεύουσα της Λάρισας κινείται…
Στη Μεγαλόπολη ο Δεσπότης ξεσηκώνει τα πλήθη…
Στην Παλαιά Πάτρα οι χριστιανοί διαμαρτύρονται…
Στη Μόρφου, στην Κύπρο, στήθηκε από τώρα η σημαία της λευτεριάς…
Τα Μετέωρα κατέλαβαν τα οχυρά των εχθρών και είναι πλέον ελεύθερη Ελλάδα…
Εδώ στην πόλη μας, στη Βοστίτσα, βγήκε ο Δεσπότης με την Εικόνα της Παναγίας στους δρόμους.
Από παντού ακούγονται εγερτήρια σαλπίσματα, από Χίο, από Άγιο Όρος, από μοναστήρια και ησυχαστήρια…
Κλέφτες και αρματολοί στην ελληνική ύπαιθρο, αλλά και μέσα στην Αθήνα, με μπροστάρηδες τους παπάδες και τους καλογέρους μας, έχουν μπεί στο χορό της λευτεριάς ήδη από τη Μ. Βδομάδα.
Τώρα πρέπει να ξεσηκωθούμε…
Όλοι καταλαβαίνουν την αδυναμία και τη μπαμπεσιά των Τούρκων…
Άκουσα ότι και ο Μεγάλος Δεσπότης στην Αθήνα έστειλε γραφή στο Διβάνι του Μαξίμου…ν΄ ανοίξουν οι Εκκλησιές.
Φιλέλληνες από όλο τον κόσμο και δικοί μας γραμματιζούμενοι στη Βενετιά και στη Λόντρα ζητούν να ξεσηκωθούμε, για να μας βοηθήσουν…
Από κάτι μισόλογα που ξέφυγαν από όσους δουλεύουν στον πασά φαίνεται ότι το φίδι αργοπεθαίνει, δεν τού ’μεινε άλλη ζωή.
Τώρα πρέπει να το χτυπήσουμε στο κεφάλι. Το λέει κι ο Θοδωράκης Κολοκοτρώνης.
Να εδώ έχω στον κόρφο μου τη Sportime που γράφει για τη μεγάλη στιγμή ν΄ ανοίξουν οι Εκκλησιές, να μπούμε να κοινωνήσουμε.
Όλοι έχουν καταλάβει την αδικία που γίνεται στο λαό μας. Ο κόσμος βράζει Δεσποτάδες και Καπεταναίγοι μου…
Έχουν αφήσει λεύτερους κάποιους «χαμένους» και τραγουδάνε στο δρόμο και να τους χειροκροτάνε απ΄τα μπαλκόνια οι καλαμαράδες…
Βαράνε τα νταούλια τους οι μουσουλμάνοι μέσα στα άγρια μεσάνοιχτα στη Θράκη για το ραμαζάνι τους…
Κι εμείς οι Έλληνες δεν μπορέσαμε φέτος έναν Επιτάφιο και μια Ανάσταση να κάνουμε.
Τι περιμένουμε…
Αδέλφια, πρέπει να ξεσηκωθούμε…
Εμείς πρέπει να τραβήξουμε μπροστά, για ν΄ακολουθήσει κι ο κόσμος.
Ακόμα κι αυτοί που μας λένε τρελούς τώρα και σκέφτονται με κοντό μυαλό, δεν πειράζει, άμα δουν το γενικό ξεσηκωμό, θα ακολουθήσουν κι αυτοί…
Εμπρός, έφτασε η μεγάλη ώρα να βαρέσουμε τις καμπάνες της λευτεριάς.
Κι ακούστε καπεταναίοι…
Κι αν δεν έρθει κανένας σας, που δεν το πιστεύω, εγώ θα τραβήξω μόνος μου με τα παλικάρια μου…
Χριστός Ανέστη και η Ελλάδα Ανέστη!
«Λευτεριά ή θάνατος» !!
(Από λόγο του στη Σύναξη των Προεστών και Αρχιερέων στη Βοστίτσα)